两所学校各有各的特点，评价好与不好是和个人的观点和角度不同的，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校类别不同
1、南京财经大学
学校类别：财经类。
2、南京工业大学
学校类别：理工类。
二、院系设置不同
1、南京财经大学
18个教学院系（部）。
2、南京工业大学
11个学部，28个学院。
三、学校历史不同
1、南京财经大学
前身是成立于1956年的粮食部南京粮食学校，1981年升格为南京粮食经济学院，1993年更名为南京经济学院。1999年，南京物资学校并入南京经济学院。2000年，江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院并入。2003年4月，经教育部批准，南京经济学院正式更名为南京财经大学。
2、南京工业大学
2001年5月，原化学工业部直属的南京化工大学与原建设部直属的南京建筑工程学院合并组建南京工业大学。原南京化工大学的前身可追溯到创建于1902年的三江师范学堂，原南京建筑工程学院的前身可追溯到创建于1915年的同济医工学堂机师科。
四、学校规模不同
1、南京财经大学
截止2020年，学校拥有仙林、福建路和桥头3个校区，占地面积3005亩，校舍建筑面积95余万平方米，设有教学学院（部）18个，现有普通本科在校学生16000余人，专任教师近1300人。
2、南京工业大学
截止2020年，学校有丁家桥校区、虹桥校区和江浦校区，总占地面积近4000亩，学校有11个学部、28个学院，有各类学生3万余人，教职工2900余人。
五、学校特色不同
1、南京财经大学
省属重点建设大学、省部共建。
2、南京工业大学
省部共建高校（2012年）、卓越工程师教育培养计划（2010年）、高等学校创新能力提升计划（2013年）、高等学校学科创新引智计划（2016年）、江苏省综合评价录取改革试点高校（2017 年）。
六、主要奖项不同
1、南京财经大学
2010年“国家科技进步奖”一等奖、2019年江苏省科学技术奖一等奖。
2、南京工业大学
全国石油和化工行业新闻宣传先进单位（2020年1月）、 2013至2016年度全国群众体育先进单位（2017年8月）、 2019年度南京市园林式单位（2019年11月）。
参考资料来源：百度百科-南京财经大学
参考资料来源：百度百科-南京工业大学