第一集
百万年前，在南极洲（还没有被冰层覆盖）坐落着古人的城市 Atlantis，可能是为了避开瘟疫的威胁，整个城市飞离了银河系，到达了飞马座（Pegasus）。后来 SG-1 找到了他们留下的前哨站，O'Neill 使用古人的武器摧毁了 Anubis 的舰队（SG-1, 7.22, Lost City）。现在 Daniel 终于找到了第 8 个地址，利用前哨站的 ZPM 为星门提供能源（长途拨号消耗比较大），由 Dr.Elizabeth Weir 率领的由十多个国家的队员组成的探险队顺利抵达了 Atlantis。
不幸的是，（如神话所说）他们发现整个城市沉没在海底，靠一个力场阻挡海水的入侵。同时获悉，古人在飞马座传播了文明，也建立了星门网络，但后来在毫无防备的情况下，遭受到了一个强大且数量众多的种族（Wraith，幽灵）的攻击。大部分古人又撤回了地球（另一部分学会了升天），然后他们把这个空荡荡的城市沉没到了海底。
虽然没有足够的能源拨回地球，但是可以拨通飞马座的其他星球。于是 Sumner 上校带领 Sheppard 等人前往 Athos 星球希望能找到一个可供撤离的安全基地，在那里他们遇到了 Teyla Emmagan。Athos 人同样在遭受幽灵的威胁，幽灵把他们当成“饲养场”，每过几百年（等他们人口增加到一定程度）就会来抓走一些人。天亮之后 Sumner 上校在附近一个废弃的城市搜索，看是否能找到 ZPM，当地人从不走进这个城市，他们相信那样会引来幽灵。
果不其然，天黑后（Athos 的白天很短暂）星门突然拨通，三艘幽灵战机穿过星门，开始捕捉地面上的人（通过一种类似光传送的技术把人吸走），同时制造幻象迷惑并包围 Sumner 等人。混战中一艘战机被火箭筒打中，但是另外两艘抓走了 Sumner 和 Teyla 并逃离了星门（遥控拨号，守在星门旁的 Ford 少尉记下了 DHD 上的号码）。Sheppard 带着其余的 Athos 人逃回 Atlantis（因为擅自行动被 Weir 训了一通），然而此时 Atlantis 的力场正在崩溃。
绝望之时，Atlantis 突然启动了某种保护装置，整个城市浮出了水面。
第二集
McKay 根据 Ford 记下的符号找出了幽灵所在的星球，发送过去的 MALP 显示那里的星门是悬浮在星球的轨道中的。随后他们找到了古人留下的可以穿过星门的小型飞船“Jumper”（SG-1 也曾遇到过一个，带有时间机器的，用它回到古埃及弄到了 ZPM），Sheppard 的古人基因可以完全控制它（Jumper 能够隐形，且拥有生命探测装置，还有便携式的 X_|||）。鉴于现在已经有了战略优势，Weir 同意 Sheppard 带队前往营救 Sumner 上校。通过生命探测仪 Sheppard 等人很快就找到了被关押的 Teyla 等人。
在幽灵的母舰（Hive）上，一个女幽灵（Keeper，看守人）向 Sumner 上校展示了他们是如何通过吸食人类的生命来维持自己的方法。Sumner 拒绝说出地球的位置——那里有几十亿的人，一个丰富的食物场，她把手放在 Sumner 的胸口吸食他的生命，使他瞬间就变成了一个老人。此时 Sheppard 循着惨叫声赶来，Sumner 示意他结束自己的生命，Sheppard 开枪射穿了 Keeper 的手并打中了 Sumner。
然而 Keeper 的手很快就复原了，Sheppard 通知其他队员引爆炸药，混乱中抓起幽灵的武器（类似长矛的一个圆筒）刺穿了 Keeper 的身体，但是 Keeper 临死前唤醒了所有冬眠的幽灵。一番惊险的战斗后（Jumper 上只剩下了一个章鱼蛋），众人成功地返回了 Atlantis。
第三集
Dr. Carson Beckett 的研究表明古人使用基因作为装置启动密码（ATA：古代技术激活），为了使成员具有使用古人技术的能力，需要修改基因序列（用鼠类逆转录病毒，副作用是口干舌燥、头晕、向轮子冲过去的冲动，呵呵）。McKay 是第一个实验者，他成功地激活了一个古人个人防护罩，这个小东西可以保护他免受任何伤害（金钟罩，从楼上摔下来都没事）。不过没想到的是，他自己的手也没办法伸进去把他取下来，吃饭喝水都成了问题。Carson 认为可以用意识把它取下来，但是 McKay 坚称没有作用，Weir 等人则认为是他不想取下来（炫耀、胆小、没有安全感等），古人不可能造这么一个可能会危及自己生命的东西。
Sheppard 希望 Teyla 加入他们，不过 Weir 表示信任 Athos 人仍然需要时间。当天夜里，两个 Athos 小孩玩传统的捉迷藏游戏（这次是 Sheppard 抓幽灵）时，无意中发现了城里的传送机（立体电梯），被传送到了一个实验室，放出了一个黑乎乎的能量体。McKay 认为可能是古人研究升天的副产品，或者是被囚禁的某种东西。能量体不断地从城里吸取能量，变得越来越大，从人身上穿过去时，人的感觉就像是被电击（人体的微弱能量也被吸收，可怜的 Ford 少尉）。
在实验室他们发现了原来囚禁能量体的容器（里面有个小能源，充当诱饵），McKay 建议关闭所有能源，再把它引进来。在决定谁留下来关上容器时，McKay 的防护罩脱落了（呵呵，怕把他留下来。“我就知道”，Weir 说）。然而能量体学聪明了，它并不上当。Teyla 认为既然能量体被关了那么久，它可能是想通过星门离开（曾经试图拨过一次号）。于是控制台拨通了一个荒凉的星球（M4X-337），用 MALP 运送一个 Naquadah 发电机以便把能量体引过去。意外的是 MALP 还没有穿过星门，电池就被能量体吸光了，然后它继续吸取星门的能量。McKay 鼓起勇气，戴上防护罩，穿进能量体，把发电机扔过了星门，能量体跟了过去。McKay 的防护罩能量也被吸收干净，倒在了地上——不过没事。
第四集
Jumper One（Sheppard、McKay、Teyla、Ford）侦查幽灵的星球时发现，当时看到的整个小山就是一艘幽灵母舰，现在他们离开了那里，准备去屠戮世界。然后他们遭遇到幽灵的伏击，混乱中一只外星虫子紧紧地抓到了 Sheppard 的脖子上（Ford 少尉对着虫子开枪都弄不死它，它跟幽灵一样，吸食了食物就会自动复原），穿过星门时，由于 Jumper 的发动机受损没有及时收回，结果被卡住了。星门只能接受传送和还原完整的东西，所以38分钟后，飞船的前半段和里面的驾驶员就会消失，后半段则被切断，Sheppard 等人将被扔到太空。
一方面 Weir 组织专家研究营救方案，另一方面 Carson 医生协助 Teyla 等人对付外星虫子，Athos 人则张罗着为 Teyla 办后事。一个叫做 Kavanagh 的科学家认为飞船可能导致爆炸，要求关闭星门防护罩，被 Weir 训了一通，很不爽的样子。由于虫子有吸附生命体的特点，Carson 认为用电击使 Sheppard 心跳停止，虫子就会自己脱落；然后再次电击使他恢复心跳；同时 McKay 也成功收回了发动机；因为 Jumper 穿过星门靠的是惯性，Ford 少尉留在后面，打开舱门，靠空气的推力终于使 Jumper 穿过了星门（自己则短时间窒息，小伙子精神可嘉）。
第五集
Shepppard 等人刚出去几小时就灰溜溜地被打回来了（McKay 中了一枪，幸好幽灵的武器只是是麻痹神经，还要留着活人吸食生命，所以 McKay 只是暂时嘴巴不能动），这是他们第9次刚出任务就遭遇幽灵了，Weir 认为基地里有内奸，Teyla 和 Athos 人成了怀疑对象，McKay 和 Sheppard 认为不可能，因为那样的话幽灵会直接攻击 Atlantis。 Weir 开始逐个询问 Athos 人，调查期间星门任务暂停。与此同时 McKay 发现城市的屋顶可以打开，Sheppard 和 Ford 驾驶着 Jumper 兜风时发现了陆地，Athos 人决定搬往陆地（省得天天又被限制又被怀疑），Teyla 则留下来加入 Sheppard 的小队。
然而接下来的任务中他们还是遭遇了幽灵，现在 Teyla 成了唯一的怀疑对象。McKay 发现她父亲留给她的项链其实是幽灵用来检测古人的一个装置，由于 Sheppard 具有古人基因，激活了该装置（他在山洞里发现了丢失的项链，捡起来交给了 Teyla），所以幽灵能获知 Teyla 的位置，不过它的信号不是很强，所以 Atlantis 目前还未被发现。
Sheppard 决定将计就计，利用项链给幽灵设个陷阱。果然四个幽灵如期前来，两个被打死，一个启动了自毁装置，另一个准备吸食 Teyla 的生命时被 Sheppard 打昏，他们活捉了一个幽灵。
第六集
Sheppard 等人在侦查一个星球时，Jumper 受到奇怪的电磁脉冲干扰迫降到地面，然后他们被一群拿着弓箭的十多岁的孩子包围，要带他们去见“长者”。这个所谓的“长者”，Keras，也只有24岁，他说500年前这里是幽灵的食物场，他们的祖先相信幽灵只抓成年人，所以定下规矩，25岁之后必须自杀。他邀请 Sheppard 等人参加他的自杀仪式。
McKay 在附近的遗迹中发现了一个古人装置，这个装置发出的电磁脉冲破坏了飞船，这才是幽灵不来这个星球的真正原因。更出乎意料的是，他在装置里发现了一个 ZPM，决定把它带回去检测（这不是偷，只是拿来用。McKay 被 Weir 责备时语）。装置这一关掉，以前坠毁的幽灵飞船上的通讯器立刻就启动，并引来了一个探测仪。既然大家都反对 McKay 这种优越的自私行为，而且经检测 ZPM 差不多已经耗尽，McKay 决定还是重新启动古人装置（电磁脉冲需要能量较少）。
同时 McKay 指出电磁场的保护区域有限，为了防止人口增长超出防御能力，所以他们才有了这么个自杀规定。现在 Keras 不用死了，不过 McKay 需要时间修正装置，同时 Sheppard 等人则被困在不信任他们的居民之间。
那两个不停问 McKay“为什么”导致他快要疯掉的小孩子真是可爱；对付小孩子的最佳方法是巧克力。
第七集
Hoff 这个国家在研究一种可以免疫幽灵的药品，Carson 医生参与了该项目，对方是一个漂亮的女医生 Perna。曾经有一个 Hoff 人拥有一种特殊的蛋白质，可以抵抗幽灵释放的药物（幽灵吸食生命的原理大概是释放一种药物，吸收和分解人类的抑制衰老的蛋白质。人类进入中年后，这种蛋白质开始减少，同时也就逐渐衰老），药品的原型就来自这个人。Carson 利用原型和之前捕获的幽灵（Sheppard 把他命名为 Steve）的血液制出了血清。
为了测试血清的实际效果，Hoff 方面有一个得了绝症的病人自愿注射血清，然后让 Steve “吃”。Carson 极为反感这种做法，同时 Weir 也不同意用犯人做实验，Sheppard 说服了她，看起来幽灵的威胁已经在挑战道德极限。Steve 垂涎欲滴的样子实在是又可怕又滑稽，不过血清生效了，而稍候 Steve 也死于他注入人体的化学药品和血清混合后生成的毒药。这对 Hoff 人来说简直是天大的好消息，他们世代被幽灵欺负，现在终于有免疫甚至可以报复的方法了。于是他们开始大批量生产血清，并给人民接种。 不幸的是，血清的副作用导致第一批接种的人有一半死去，包括做实验的那个人和 Perna 医生。然而 Hoff 的议会和 96% 的人民认为 50% 的成功率是可以接受的，因为这意味着终于可以打败幽灵了。“不计任何代价获取胜利”。
第八集
Teyla 介绍 Weir 和 Genii 的农民交易，用药品换取粮食供给。他们的首领 Cowen 看到 Sheppard 用 C4 炸掉树桩后（只是为了帮助居民垦荒，牛 X_|||），希望用粮食换取 C4 和药品。Sheppard 请示了 Weir 之后返回 Genii 途中，McKay 接收到一个奇怪的放射信号，跟踪着信号找到了一个地道，一个地下的城市，然后遇到了全副武装的 Cowen。
原来 Genii 人假扮农夫以躲过幽灵的监视（幽灵发觉他们足够先进时就会赶来破坏），Cowen 打算杀掉他们，但是他们需要 C4——做原子弹的引爆器，Genii 正在做原子弹，用来对付幽灵。McKay 表示原子弹是小事一桩，他可以提供更多的帮助。这么一眨眼间，他们从阶下囚又变成了贵宾。
Genii 人曾经在一个坠毁的幽灵战机（Dart）上发现了一个数据存储装置，并得到了一艘还未醒来的幽灵母舰的星门地址。他们计划潜入母舰，下载到其他飞船的位置信息后，用原子弹毁掉它。Sheppard 的小队和 Cowen、Tyrus（Cowen 的助手）抵达目的地，在母舰中他们遇到了一些被困在茧中的人，Tyrus 不允许 Teyla 救他们（不愿意节外生枝），并且开枪打死了其中的一人，结果招来了守卫，打倒了 Tyrus。Sheppard 等人成功下载到了数据。
返回后 Cowen 计划扣下 Jumper，不过 Sheppard 早有提防（Cowen 问 Sheppard 有几艘这样的飞船时，他回答只有一艘），他事先排其他两艘 Jumper 隐藏在司令部的上空，粉碎了这个阴谋。下载的资料显示，至少有60艘幽灵母舰，每个母舰都相当于一个 Atlantis 的大小，现在只能希望他们不会很快就发起对 Atlantis 的攻击。
第九集
M5S-224 星球弥漫着浓雾，但是 McKay 发现那些其实都是生命体或能量体，而且星门可以用空气中吸取能量。这意味着修改一下该星球的 DHD，就可以从这里拨号回地球。问题是回去了地球，就没办法回来了（地球 ZPM 已经耗光了），不过 Asgard 已经修改了普罗米修斯（Prometheus）的引擎，有望一个月就能抵达飞马座。
Weil 一行人兴冲冲地回到了地球，却发现一切都不对劲（例如一些死去的人居然还活着）。原来一切都是能量体设计的幻象，他们要杀死所有试图从该星球获取能量的人（因为这些能量就是他们种族的人民）。Weir 保证说他们不会再回来，能量体相信了她的话，放他们回到了 Atlantis。
第十集
一场“完美风暴”即将袭击 Atlantis，Atlantis 的人员必须紧急撤离。Sheppard 请求 Manara 的首领 Smeadon 允许 Atlantis 暂时撤离到他们的星球，Smeadon 暗地里却通知了 Genii 的首领 Cowen（他们刚刚和 Atlantis 结下梁子）。Cowen 派遣指挥官 Kolya 集结了一个突击小队准备袭击 Atlantis。
McKay 和 Zelenka 计划使用避雷针从雷电中吸取瞬间能量（弗兰克林的梦想），启动城市的防御护盾，从而保护城市免受风暴的破坏，但这样一来，只能留下几个人，其他人必须全部离开（整个城市都导电了）。与此同时，Teyla、Ford 和 Carson 在陆地组织 Athos 人撤离，最后一批猎人回来的太晚，Jumper 无法安全返回，一行人暂时被困在了那里。
Kolya 在 Smeadon 的帮助下，抓住了一个 Athos 人（喝酒误事啊），胁迫他拨通星门并发送 IDC（身份验证），Genii 突击队冒充受伤的 Athos 人闯入了 Atlantis，杀死了两名守卫，并抓住了 Weir 和 McKay。此时 Sheppard 正在切断城区的四个避雷针，通过无线广播得知了 Weir 和 McKay 的遭遇，他抢先一步藏起了 Kolya 想要的 C4。气急败坏的 Kolya 现在计划要杀死 Weir 并占领整个 Atlantis。
第十一集
McKay 警告 Kolya 要得到 Atlantis，必须留下他们两个，Kolya 骗 Sheppard 说 Weir 已经死了，Sheppard 发誓要取他性命。此时留在陆地的 Teyla 等人进入了暴风眼（飓风的中心，阳光明媚、风平浪静），Teyla 等人趁此机会，驾驶 Jumper 赶回 Atlantis 协助 Sheppard，Kolya 通知 Genii 要求增派援手。
Sheppard 并不知道 Weir 和 McKay 正在试图切断最后一个避雷针以完成预期的计划，他已下了同归于尽的决心，在城内四处破坏。Genii 后援部队正赶来时，他启动了星门的防护罩，50 多个 Genii 士兵撞死在护罩上（砰砰砰……）。迫不得已，Kolya 只得告诉 Sheppard 他并没有杀死 Weir，要求他恢复最后一个接地站的电源，以便 McKay 修复它（之前 Sheppard 在关掉它时，被 Kolya 的人打坏了。可见冥冥之中皆有因果）。 在控制室，McKay 骗 Kolya 说他的计划失败，Atlantis 的护盾无法启动，Kolya 准备带着 Weir 和 McKay 逃离。Sheppard 冲了进来，开枪射中挟持 Weir 的 Kolya，他放开 Weir 后跌入了星门。此时 Tyrus 的女儿 Sora 正在和 Teyla 打得不可开交，她认为在上次偷取幽灵数据时是 Teyla 故意扔下了她的父亲，最后被 Teyla 拿下。
眼见一个滔天巨浪就要吞没 Atlantis 之时，护盾启动了。
第十二集
Jumper-1（暂用这个代号代替 Sheppard 等人）在一次飞行训练中，发现了一颗携带古人武器的人造卫星（大小如同一个 Goa'uld 母舰），可惜卫星已经报废。他们同时发现了一艘坠毁的幽灵飞船，猜测它可能是在一万年前进攻 Atlantis 时被古人卫星摧毁的。在下面的星球上，他们发现了许多像萤火虫一样的“space bug，太空虫子”（Sheppard 这个家伙有命名的嗜好），这些虫子有强烈的生命信号，对他们携带的食品（巧克力？）很感兴趣。
Sheppard 等人发现坠毁的飞船是一艘幽灵的供给船，船上留着大量的茧，并且找到了一个被同类吸食掉生命的幽灵尸体。随后随行的两个科学家被剩下的一个幽灵所害（这些东西生命力很强，而且还会冬眠），Sheppard 先用 P90 打，后用手榴弹轰，最后还拿小刀捅，不过他总是能很快就恢复。一筹莫展之时，Ford 带着救援小队赶来，Sheppard 往幽灵身上粘了块巧克力，引来大批虫子围着他，同时命令 Ford 向生命信号最强的位置开火。幽灵被炸成了碎片。
第十三集
科学家们在搜索 Atlantis 城区的时候，在一个病毒实验室发现了一些破碎的容器，然后队员们相继开始出现鬼魂的幻觉，6个小时后导致脑动脉破裂而死。一个病人由于过度的惊吓在城区四处乱窜，Atlantis 全面戒严。
然而6个小时过去后，McKay 却并没有死亡，原来是他体内的古人基因保护了他（他第一个接受了基因改造），在显微镜下，Carson 发现它是一种专门用于杀死普通的人类的纳米病毒（纳米机器）。但是现在只有 48% 的人有条件接受基因治疗，所以更有效的办法是制造一个强电磁脉冲（EMP），消灭所有的纳米机器。于是 Sheppard 带着一个 Naquadah 发电机飞到城市上空 20 英里处引爆，爆炸产生的 EMP 消灭了病毒。
既然幽灵需要吸食人类的生命维持自己，所以病毒不会是他们弄的，那么到底是谁制造了这种可怕的东西？
第十四集
Jumper-1 被一群幽灵战机追赶，突然下面的星球上发出一束亮光，亮光摧毁了幽灵战机，Jumper 却安然无恙。McKay 认为只有 ZPM 才能为这样强大的武器提供能源，建议下去调查一下。 一个叫做 Zarah 的修道士代表 Proculus 人欢迎了他们，他们从未遇到过幽灵，Athar 神一直在保护他们。McKay 认为有一个他们不知道的古人武器在保护这个星球，不过这里倒是 Atlantis 的最佳避难所。Zarah 带他们去见女祭司 Chaya 以征求神的意志，Chaya 很遗憾地说 Athar 神不能让非子民在此居住，不过她很希望去参观一下神奇的 Atlantis。
Carson 检查了 Chaya 的身体状况，发现她的健康状况非常完美，完美到没有任何缺陷。同时她还无意中激活了新近发现的一个古人装置，说明她可能有古人基因，或者说该装置是用于检测城中的外星（外族）人的。这些引起了大家的警觉，McKay 劝告 Sheppard 不要“打 Chaya 的主意”，不过 Sheppard 却已经和 Chaya 成了亲密的朋友。
Chaya 承认她是一个古人，来 Atlantis 的原因是因为被 Sheppard 所吸引（X_|||），现在幽灵即将袭击 Proculus，她必须回去救他们，然后变成能量团穿过了星门。Sheppard 驾驶 Jumper 赶去协助 Chaya，不过她轻易地就消灭了幽灵。原来她因为违反升天规则帮助了 Proculus 人，被罚永远留在那里保护 Proculus 人——但是不能帮助其他人，所以不能为 Atlantis 提供避难所。
第十五集
Sheppard、Teyla、Ford 等人搜索城区时发现了一个冷冻着的老人（和 O'Neill 当年冷冻自己一样的装置），根据资料记载，她已被冰冻了将近一万年，Carson 将其解冻后，她居然认识所有的队员，并声称她自己是 Dr.Elizabeth Weir。她带领探险队抵达 Atlantis 时，找到了一个时间旅行装置，通过它找到了原来居住在 Atlantis 的古人。 在她的时空中，Atlantis 的能量被耗光后并没有浮起来，而是被海水淹没，只有她和 Sheppard、Zelenaka 躲在一个 Jumper 内得以幸存（我竟然死了，McKay 一脸不情愿），然后 Jumper 被幽灵摧毁，只有她通过 Jumper 上的时间机器找到了一万年前 Atlantis 的古人。
此时的古人正在忙着撤回地球，Weir 遇到了时间机器的制造者 Janus，他试图说服议会同意让她带一个 ZPM 返回未来救 Atlantis。遭到拒绝后（议会向来反对时间旅行），Janus 想了个办法：他将 Weir 冷冻在 Atlantis，用程序每隔几千年自动唤醒她一次，然后她可以轮流使用三个 ZPM 为 Atlantis 提供能源，这样或许可以支撑的更久。另外他特别设计了故障保护程序，一旦力场被毁，城市将自动浮出水面。
Janus 的设计最终拯救了 Atlantis 探险队，老 Weir 同时告诉了他们 5 个前哨站的星门地址，每个前哨站都有一个 ZPM——这是 Janus 留给他们的礼物。
