(一)主要平原(盆地)区域水文地质调查和地下水动态评价
以北方平原和地下水盆地为重点，开展1∶5万水文地质调查。主要包括海河平原、淮河平原、山西六大盆地、内蒙古河套平原、银川平原、鄂尔多斯盆地、西南岩溶地区、关中盆地、辽河平原、吐-哈盆地等。详细查明含水系统(包括包气带和含水层)的地质条件、结构与功能、水力特性和空间分布，为地下水开发、利用和评价提供更为详细、准确的地质构架。
建立完善地下水监测网络，构建地下水动态调查评价体系，实现地下水监测信息采集、传输、处理和服务现代化，及时掌握地下水动态变化情况;研究地下水系统数学模型，开展地下水评价与预测预报;在地下水开发引发地质环境问题评价基础上，定期提出地下水开发、利用和保护对策措施，为地下水管理部门提供决策支持。
(二)地下水污染调查与含水层修复
继续开展全国首轮地下水污染调查。总结东部地区地下水污染调查成果和经验，继续开展中西部地区地下水污染调查。按照区域调查和重点地区调查两个层次开展工作。区域调查主要是调查评价区域地下水质量和污染的总体状况，调查精度为1∶25万。重点地区调查主要调查评价地下水质量和污染状况、圈定地下水污染范围和查明污染趋势等，调查精度为1∶5万。利用地下水水质监测井，定期跟踪地下水污染变化情况。研究重金属、农药、石油污染物等在土壤和地下水中的运移、转化机理，预测地下水污染变化趋势，提出地下水保护对策措施。
选择典型重金属污染、石油类污染、农药化肥污染等场地开展土壤、含水层修复工程示范研究，探索和推广经济、高效的地下水污染修复方法和技术。
(三)严重缺水区及地方病区地下水勘查
在北方干旱区、南方红层区、饮水型地方病区和劣质水分布区选择严重缺水的重点地区开展地下水勘查，查清水文地质条件和地下水分布规律，通过典型地区示范推广地下水成井和提水技术，提出地下水开发利用区划，为当地政府解决水资源匮乏提供找水技术方案。针对季节性缺水地区，以区域水文地质调查成果为基础，明确地下水找水方向和重点区域，提出地下水找水预案。
(四)重要经济区地质环境综合调查评价
根据国家重要经济区建设的需要，开展重要经济区地质环境综合调查评价。主要包括环渤海湾经济区、长三角经济区、黄河中游经济区、长江中游经济区、东南沿海经济区和东北经济区等重要经济区。重要经济区地质环境调查按照两个层次开展:区域上按照1∶25万比例尺开展，重点区域按照1∶5万比例尺开展。通过地质环境综合调查，开展资源-环境承载力评价和地质环境安全专题研究，提出与国家宏观社会经济规划相适应的地质环境功能区划，为国土规划和区域生产力布局服务。
(五)重要城市地质环境调查评价
以服务于城市规划、建设与管理为目的，开展重要城市地质环境综合调查评价。主要包括省会级城市和重要地级城市。区域上按照1∶25万比例尺开展，城市核心区按照1∶5万比例尺开展。主要调查内容包括城市基岩地质、第四纪地质、活动断裂分布及其活动性、区域地壳稳定性、工程地质条件、地质环境问题等。利用历史地质资料和调查成果，建立城市地质环境基础数据信息系统，为城市管理提供地质资料服务。
(六)矿山地质环境调查与监测
开展全国主要矿产资源集中开发区的矿山地质环境调查。以1∶5万矿山地质环境调查为主，查明矿产资源集中开发区内矿山地质环境问题类型、特征、分布、规模和危害程度。以矿山地质环境问题突出的大中型矿区、老矿区为重点，开展矿山地质环境监测，建立全国矿山地质环境动态监测平台，对矿山地质环境变化趋势进行评估，及时提出矿山开发和环境保护对策措施。
对西部矿产资源接替区开展地质环境调查和矿产开采地质环境影响评价。我国在西部地区取得了一系列找矿突破，今后一段时期将进行大规模的矿产资源开采活动。为支持西部矿业发展和保护脆弱的生态环境，应对矿产资源接替地区进行水文地质环境地质调查，评估地下水资源潜力和矿产开采对地质环境的影响，提出地下水资源利用和生态环境保护措施。
在对地下水产生重大影响的大型煤炭矿区，开展水文地质环境地质调查。主要包括我国重要的能源基地和煤炭规划矿区。通过以1∶5万比例尺为主的调查，重点查明含水层结构和分布规律、矿产开采条件下地下水补径排条件和地下水质变化，提出地下水综合利用与灾害防治方案，制定区域含水层保护对策措施。
(七)活动断裂调查与区域稳定性评价
开展我国主要活动构造区活动断裂调查研究。针对大型活动断裂给重要经济区和重大工程带来的安全隐患问题，在南北向地震带、青藏高原周缘及其内部重要的活动地块边界断裂带、郯庐断裂带等区域开展1∶5万活动断裂调查，同时选择重点区域开展地应力测量与监测，分析相关活动断裂未来强震发展趋势。以自然灾害链理论为指导，评价断裂现今活动性及其对地震和次生地质灾害的控制意义。围绕重要经济区和重大工程建设地质安全，在南北活动构造带、三江活动构造带、环渤海湾等重要活动构造地区和国家重大工程区，开展不同比例尺的区域地壳稳定性评价。
(八)突发性地质灾害调查与监测预警
开展崩塌、滑坡、泥石流等突发性地质灾害高、中易发区1∶5万地质灾害调查。以西南、中南山地区为重点，主要包括青藏高原东缘、云贵高原、川东渝南鄂西湘西山地、秦巴山地、东南丘陵山地、黄土高原等。详细查明地质灾害发育的地质背景和灾害发育、分布规律和形成机理。选择地质灾害高易发区建立监测网络，完善监测内容，开展典型区域专业监测;健全完善覆盖地质灾害中、高易发区的群测群防网络;对地质灾害隐患点，安装自动监测报警仪器，不断提高突发性地质灾害预报预警水平。
(九)地面沉降调查与监测
利用现代化监测技术，完善长江三角洲、华北平原、汾渭盆地地面沉降监测网，长期开展监测评价。开展珠江三角洲、东北平原等地面沉降工作空白区地面沉降调查，建立地面沉降监测网络。根据重大工程建设与运营需要，开展重大工程区地面沉降调查与监测。结合区域地质环境背景和区域经济发展布局，开展地面沉降灾害风险评估，制定分区地面沉降控制目标和管理措施。
(十)全球变化的地质环境调查与应对措施研究
开展与气候变化相关的地质环境调查与研究。通过不同石笋、冰川沉积物等地质体的气候变化记录，开展地质历史上古气候变化与地质环境演化研究。通过对气候变化比较敏感的青藏高原、黄土沉积区、岩溶石漠化区等地区开展地质环境调查，研究全球变化的地质环境效应。
在自然和人类活动对全球气候变化影响评价的基础上，从地学角度提出应对全球气候变化的对策措施。针对全球变化影响下不同区域地质环境问题和地质灾害变化的规律，提出不同区域应对措施和应急预案。开展二氧化碳地质储存的地质环境调查和关键技术研究。选取具备二氧化碳地质储存条件的地区，开展二氧化碳地质储存示范工程。
(十一)地质环境与社会经济的物质流调查与分析
以物质流理论为指导，开展我国地质环境与社会经济历年物质流核算与分析。通过资料收集和实地调研，获取化石能源、金属矿石、建筑材料、地下水等基础数据，估算我国地质环境与社会经济的物质流，对物质流随时间变化规律进行分析，揭示地质环境和社会经济相互作用的内在机制。
开展省级行政区地质环境与社会经济物质流核算与分析。采用物质流计算方法，对全国各省(区、市)地质环境和社会经济之间的物质流进行核算分析，分析和归纳输入、输出物质流的区域分布特征，揭示区域经济发展对地质环境的影响机制。
开展我国地质环境可持续利用评价指标体系研究。以物质流分析成果为基础，以输入物质流表示社会经济对地质环境的影响程度，结合地质环境先天脆弱程度，建立我国地质环境可持续利用评价指标体系。
开展我国地质环境与社会经济的物质流消减与对策研究。以物质流分析成果和地质环境现状评价结果为基础，预测我国物质流变化趋势，提出我国物质流消减主要指标(例如直接物质输入量、物质消耗强度等)，从技术层面和政策层面提出相应的对策措施，为政府部门加强地质环境管理提供科学依据。
(十二)地质灾害风险评估与风险管理
开展地质灾害风险综合管理研究，包括地质灾害管理的法律法规和规划、防灾减灾应急体系、风险定量评估、风险控制体系、风险分担机制、公众参与和宣传教育等。围绕地质灾害风险管理，建立科学的灾害风险评价流程和风险的全过程监控机制，构建灾害风险管理的协调机制和法制体系，探索将地质灾害管理纳入社会发展规划的途径，实现地质灾害风险信息共享，广泛普及地质灾害风险管理理念，提高全民灾害风险意识和防灾减灾意识。