根据上述职责，自治区商务厅设19个内设机构。
（一）办公室。
负责文电、会务、机要、档案等日常工作；起草综合性文件；承担政务信息、对外宣传、保密、信访、安全保卫综合治理；办理全区商务组团出国（境）和邀请外商来访审批事项。
（二）政策法规处。
研究商务领域发展趋势，围绕对外开放、区域和次区域合作、内贸流通等商务工作中的重点、热点、难点问题提出政策建议；负责编制自治区内外贸易发展计划并组织实施；组织开展反倾销、反补贴、保障措施的实施及与进出口公平贸易相关工作；协调商务领域反垄断调查，组织企业进行反垄断申诉；组织开展产业损害调查和维护产业安全的相关工作；落实我国在世界贸易组织中承担的关于贸易和投资等方面的政策审议、通报、咨询义务；负责机关依法行政等工作。
（三）市场秩序处。
承担牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作；推动商务领域信用体系建设，指导商业信用销售，建立市场诚信公共服务平台，推进商务综合行政执法工作；负责研究拟订药品流通行业发展规划、行业标准和有关政策，配合实施国家基本药物制度，提高行业组织化程度和现代化水平，逐步建立药品流通行业统计制度，推进行业信用体系建设，指导行业协会实行行业自律，开展行业培训，加强国际合作与交流；参与组织打击商务领域侵犯知识产权和商业欺诈的专项整治工作；承担畜禽屠宰行业管理工作。
（四）市场体系建设处。
组织起草市场体系的地方性法规和实施细则；推进流通标准化；牵头组织规范零售企业促销行为；研究提出引导区内外资金投向市场体系建设的政策；指导大宗商品批发市场规划和城市网点规划、商业体系建设和内外贸一体化区域性商贸物流基地建设工作；推进农村市场和农产品流通体系建设；按有关规定对拍卖、典当、租赁、汽车流通和旧货流通行业等进行监督管理；指导报废汽车管理、老旧汽车更新。
（五）商贸服务管理处。
承担全区商贸服务业（含餐饮业、住宿业）的行业管理工作；按照有关规定对成品油流通进行监督管理；指导流通企业改革和发展工作，提出促进商贸中小企业发展的政策建议；指导社区商业发展、流通领域节能降耗、再生资源回收工作；负责全区商贸、流通服务行业安全管理工作，制定并组织实施商贸、流通服务行业企业事故防范措施和安全生产检查。
（六）市场运行调节处。
监测分析市场运行、商品供求状况，调查分析商品价格信息，进行预测预警和信息引导；承担建立健全生活必需品市场供应应急管理机制相关工作；承担重要消费品储备（肉类、食糖及部分生活必需品等）管理和市场调控的有关工作；承担酒类流通管理工作。
（七）对外贸易处。
拟订全区对外贸易（含加工贸易、边境贸易）发展战略、规划并组织实施；负责国家下达我区的重要工业品、原材料和重要农产品（除粮食、棉花外）进出口总量计划的组织实施；负责进出口商品配额、关税配额的申报并组织实施；负责监督进出口商品许可、两用物项和技术进出口许可的管理，依法办理加工贸易批准证；组织、管理和指导境内外涉外商品交易会；协调指导外贸促进体系建设；监测、分析全区对外贸易运行状况，研究外贸运行和结构调整中出现的重大问题，提出相关措施建议；对外贸易进出口的统计分析及信息发布；指导、督促对外贸易、出口加工企业的安全生产管理。
（八）机电和科技产业处（自治区机电产品进出口办公室）。
拟订全区机电产品和高新技术产品进出口发展规划和年度计划并组织实施；负责全区进口机电产品国际招标管理工作；负责全区（除北海市外）机电产品进口和全区机电产品出口管理工作；负责全区技术贸易管理工作；承担机电产品和高新技术产品进出口以及服务贸易促进工作。
（九）外国投资管理处。
协助有关部门拟订全区外商投资政策和投资促进战略；会同有关部门研究提出全区外商投资产业指导目录；指导协调全区外商投资工作；依法监督检查外商投资企业执行法律法规的情况并协调解决有关问题，负责外商投资企业设立和变更监督管理；指导全区投资促进和服务体系建设工作，促进我区投资便利化和服务外包发展；牵头负责外商投资企业联合年检工作；指导区内国家级以及自治区级以及各类经济技术开发区的有关工作。
（十）对外经济合作处。
拟订和执行全区对外投资、对外承包工程及劳务合作发展规划；负责制定推进全区对外投资、承包工程和劳务合作发展的政策和措施并组织实施；负责全区境外投资（金融类除外）、对外承包工程、劳务合作、接受国际无偿援助和对外援助的管理以及拟订业务管理办法；拟订全区公民出境就业的管理政策；承担外派劳务和境外就业人员的权益保护相关工作；负责外援项目和对外援助项目实施情况的检查工作；指导协调境外经济贸易合作区和农业技术示范中心的有关工作。
（十一）港澳台日韩合作处。
研究提出合作的思路、对策、规划、措施及工作建议并组织实施；会同有关部门承担和推进内地与香港、澳门特别行政区更紧密经贸关系安排并组织实施；协助处理对台经贸工作中的重要问题，拓展对台经贸合作；对港澳台日韩相关部门、商协会、企业到广西和广西企业到港澳台日韩开展各类投资贸易活动提供指导和帮助。
（十二）东盟合作一处。
拟订并组织实施对越南、老挝、缅甸、柬埔寨、泰国等东盟国家的经贸合作发展战略、规划、政策；研究拟订推进大湄公河次区域合作以及南宁至新加坡通道经济带建设的机制、措施和边境经济合作区发展规划、工作方案，指导协调全区边境经济合作区的有关工作。
（十三）东盟合作二处。
拟订并组织实施对文莱、印度尼西亚、马来西亚、菲律宾、新加坡等东盟国家的经贸合作发展战略、规划、政策；组织建立自治区与上述国家相应机构间经贸合作机制；组织实施泛北部湾经济合作；指导和服务企业与上述国家开展贸易、投资及其他合作事务。
（十四）商务信息化处。
拟订自治区商贸领域信息化发展规划、运用电子商务开拓国内外市场的相关管理办法并组织实施；贯彻落实商务领域电子商务相关标准和规则；建立完善自治区商务信息公共服务体系；承担厅电子政务及政府网站管理工作；组织进出口预警、市场运行和商品供求监测体系建设。
（十五）商务行政审批事务办公室。
制定办理自治区本级的各类商务行政许可审批制度及具体办法；承担商务行政项目审批及审批规范化、标准化建设，负责有关审批工作的协调、催办、督办工作。
（十六）口岸办公室（自治区口岸办公室）。
拟订全区口岸发展规划并协调组织实施；指导全区口岸建设；负责口岸设立、撤销、重新启用、恢复运行的审理上报，边民互市贸易区（点）设立和撤销的审查上报及非口岸区域临时开放的相关工作；负责直通港澳、跨国陆运车辆的协调管理；负责自治区口岸“大通关”的组织协调工作；协调全区口岸各单位之间的工作。
（十七）打击走私综合治理办公室。
负责自治区打击走私的组织、协调、指导和监督工作；制定自治区反走私综合治理措施并组织实施；研究自治区打击走私工作情况，掌握走私与反走私动态；组织、协调有关市和执法、缉私部门查处走私贩私大案要案。
（十八）财务处。
拟订中央下达及自治区安排的各项内外贸易发展专项资金使用计划并监督管理；统筹管理机关行政经费及各项业务专项经费等；编报机关及直属事业单位预决算；负责本部门的资产管理、内部审计监督和直属单位负责人经济责任审计工作。
（十九）人事处。
承担机关、直属事业单位机构编制、人事劳资、队伍建设和教育培训等工作；厅管出国人员政审及驻外派出干部管理；组织协调政务公开、绩效考核、安全生产工作；指导计划生育工作。
机关党委 负责机关及驻邕直属单位的党群工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
