长期以来，扬子江药业集团始终坚持走“科技兴企、科技强企”的科技发展路线，每年均投入重资用于科技活动。集团先后累计投入10多亿元，在上海、南京、北京、广州、成都及总部泰州成立新药研发中心，并组成了扬子江药物研究院，扬子江药物研究院下设的每个分中心均具有独立的研发场所，绝大部分配备了进口实验设备。在研究院总部，拥有一个2000平方米的独立的中试车间，并已通过GMP认证，这一硬件条件是国内其它制药企业很难达到的。
1998年，扬子江药业集团率先在江苏省医药行业成立企业博士后科研工作站，2001年扬子江药物研究院经原国家经贸委等部门认定为国家级企业技术中心，2006年扬子江药物研究院被科技部认定为国家级企业创新研发中心。2006年，集团对扬子江药物研究院下设的各研发中心进行了资源整合，形成了化学药物研发中心、药物制剂技术工程研究中心、生物药物研发中心、中药制造工艺工程研究中心等四大研发中心，并以此成立江苏省（泰州）新药研究院，致力于化学药、中成药、生物药及制剂技术的创新研发。同年，江苏省（泰州）新药研究院被江苏省委省政府、江苏省科技厅列为江苏省“十一五”重点研发机构项目。
化学药物研发技术中心
从事抗病毒药、内分泌药、心脑血管药等三大领域创新药物的设计、合成、筛选技术研究、产品开发及原料药的中试、产业化。该项目目前已列入国家发改委的技术中心创新能力建设专项。
中药制造工艺工程研究中心
从事大孔吸附树脂技术、膜分离技术、超临界萃取技术、超微粉碎技术等技术在中药制造工艺中的应用研究、产品开发及产业化研究。该项目被列为国家发改委的工程中心建设项目，目前已通过验收，项目名称为南京海陵中药制药工艺技术国家工程研究中心。
药物制剂技术工程研究中心
从事难溶药物脂质体技术、缓控释制剂技术、药用乳剂技术、中药胶囊防潮辅料技术的应用研究、产品开发及产业化研究。该项目获批为首批企业国家重点实验室，项目名称为新型药物制剂技术企业国家重点实验室。
生物药物研发技术中心
从事生物诊断试剂研发技术、单克隆抗体研发技术的应用研究、产品开发及产业化研究。
