在职时去劳动仲裁告公司，公司在无正当理由的情况下不能辞退当事人，否则将承担支付经济补偿的后果。在职时去申请劳动仲裁维护自己的合法权益，在与公司双方劳动合同未实际解除或终止前，任何一方都有权提出来与对方解除劳动合同，但并不代表这种解除就是合法的，不代表不可以再次通过申请仲裁的方式来维护自己的合法权益。
法律分析
在劳动者和用人单位这样一个关系体系中，劳动者处于较为弱势的地位，很多劳动者遭到了用人单位的不公对待，侵犯了自己的合法权益。在职员工对现公司提起劳动仲裁这个问题的答案是需要区别对待的，根据劳动者诉求的不同，在职能不能劳动仲裁答案是不一样的。相关规定劳动争议仲裁解决的是确认劳动关系、履行变更合同、离职、追索报酬等事项。例如因为没有及时签订劳动合同要求支付双倍工资，要求用人单位支付拖欠的工资是可以在职期间向仲裁机构提出的，如果要主张公司非法解除劳动关系，就必须满足已经被解除了劳动关系这一个前提。多数人认为提起劳动仲裁就必须离职时是因为在职申请仲裁很大程度上会影响在单位以后的日子和待遇，即使最终获得胜利，但是因为和公司曾经有过这个争议，就会影响到在公司的发展，大多数人会选择和公司解除劳动关系以后再向仲裁机构申请仲裁。在职申请仲裁的一个好处就是举证证明双方的劳动关系更方便了。
法律依据
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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