第一部介绍：
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
11岁的少年八神太一和他的六个朋友一起参加了夏令营，却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。这些孩子被认为是数字世界的未来，他们与数码宝贝们一起要解开控制这个可怕的数码世界之谜。当他们踏上这个伟大的征程时，因特网成了他们的战场。
进入数码世界的八神太一他们遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前。随着故事的发展，渐渐地数码宝贝变得更加强大，而小朋友们也开始明白友情的重要。
通过无数的努力和巨大的牺牲，孩子们终于战胜了极恶魔王，取得了胜利，坐公交车，返回地球。
第二部介绍：
第1次冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了高石武和八神嘉儿外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。某日，一位自称数码皇帝（Digimon Caesar）的少年突然出现攻击数码兽，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码兽们。在他的处处逼迫之下，数码兽迫于无奈展开战斗。
新一代被选中的孩子们共3个，另外还有高石武和八神嘉儿继续参战。他们每个人都获得一台新的数码机“D-3”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”（Armor shinka），只要使用数码装甲就可以让他们的数码兽即使在黑暗力量的控制下，也可以完成进化。最后，大家成功阻止数码皇帝和基米拉兽（Chimairamon）阴谋，可是他的最重要的数码兽──虫虫兽因为小贤（数码皇帝的主人格）的错而死去。
小贤对他之前错误的行为感到后悔，所以决定加入被选中的孩子们，与新出现的敌人亚基利兽（Archnemon）和她的伙伴木乃伊兽（Mummymon）战斗。亚基利兽有独特的力量可以把黑暗之塔变成数码兽形态并加以控制。为了与这个新的威胁战斗，孩子们得知了合体进化（Jogress shinka），使他们的数码兽合体以获得更多力量。最后，当战斗被带入现实世界，真正的策划者——及川 悠纪夫出现。他从小贤那里得到了黑暗种子，并把它植入了希望和小贤一样的孩子们的身体里。那些种子利用孩子们心中黑暗的力量成长成为花。最终，被选中的孩子们面对及川，知道了他是个极端不合群的人，他唯一的朋友是伊织的父亲——火田浩树。浩树和及川年轻的时候经常在一起玩电子游戏，最终着迷于数码世界并且非常希望到那里去。最后，有个物体从他的身体里弹出，原来是第一部中的吸血魔兽（Vamdemon)的残留意识,现在再生为贝利亚吸血魔兽（Belial Vamdemon）。
故事的最后，全世界的被选中的孩子全部帮忙，打败了贝利亚吸血魔兽。存在于每个人心中的光明和希望令数码世界重新回到那个美好的地方，而及川因为太虚弱而不能进入数码世界，他把自己的力量送给了自己热爱的数码世界，和数码世界永远在一起。和平恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都拥有了自己的数码兽。
第三部简介：
2000年代，十分热爱数码兽、稍微有点率真，个性极普通的小学五年级男生松田启人设计出了一只数码兽，对他来说与朋友玩数码兽卡片游戏，上课时偷偷地把自己创作的数码兽画在笔记簿上，就是他最大的乐趣！启人某日竟偶然得到了一张能大大改变命运的，以往从未有人见过的不可思议的蓝色卡片——Blue card！
因为对真正数码兽的无比向往，令他的刷卡器变成了真正的数码机——“D-Ark”，就在把蓝卡放进读卡机的瞬间，冒险之门已经打开了！启人与接着到访的命运拍档——基尔兽相遇，之后又认识了李健良和牧野留姬，他们遇到了自己的数码兽拍档，与来到现实世界的数码兽战斗。最初的冒险在现实世界展开，然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光，不断派遣帝魔（十二只以中国生肖为原型的数码兽）来到现实世界，而后又把握有数码兽进化关键的古乐兽带走，启人一行人为了救它，带了博和、树莉以及健太，决定进入数码世界。在数码世界中，启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——秋山辽。而后又遇到了被传送至数码世界的健良的妹妹——李小春。他们8个人在得到了四圣兽的认可后，带着古乐兽回到现实世界，然而，数码世界中“最强的敌人”——可以消除一切的数码死神侵略了现实世界，现实世界面临消失的危机，启人一行人经历了无数战斗，终于成功消灭了数码死神，拯救两个世界的危机。最后的结局虽然以人类与数码兽告别收场，但结尾仍充满希望...
第四部简介：
很久以前，数码世界中的人型数码兽和兽型数码兽发生冲突，战争不断，后来天使型光明兽平息了这场战争并成为数码世界的统治者，后来他变得专制，不断虐待其他数码兽，这时出现了十位斗士，经过激战后封印了光明兽，留下了斗士之魂，受三大天使数码兽掌管。此后数码世界在三大天使数码兽的统治下得到和平
可是有一天，数码世界出现了新的黑暗势力，三大天使之一的基路比兽受邪气感染，很
多数码兽被基路比兽传染而变得残暴，不断吞食数码世界的数据。十个斗士之魂，归于三天使( 炽天使【塞拉菲兽】、座天使【奥菲尼兽】和智天使【基路比兽】)，作为三大天使之一的它拥有了其中五个斗士之魂(土、水、木、钢、暗)，并以此做出了五位邪恶斗士
一天，现实世界有许多孩子收到了来自数码世界奥菲尼兽的求救SMS，终选召出6位继承了传说中的斗士(其中的辉一本是邪恶斗士)，踏入数码世界。一开始，他们都不合群且以自我为中心，然而随着剧情发展，他们都变得成熟
途中与邪恶斗士角力，后5位邪恶斗士被逐一击破，救出被黑暗操控的辉一，并打败基路比兽
然而基路比兽消灭后，黑暗势力并未消散，6位斗士发现了基路比兽被光明兽暗中利用，而基路比兽并不知情。六翅兽派出领主骑士兽和君主兽两位皇家骑士继续收集数码世界的数码密码，只要得到整个数码世界的数据，光明兽便会复活。光明兽复活后，除了想要统治数码世界外，还妄想侵略现实世界，最终被须佐之男兽消灭。
第五部简介：
初二学生大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，事后亚古兽称大为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。
托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。
在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。
第六部简介：
●普通篇（主要环绕各队伍彼此争夺Zone）
第01话至第30话
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，而成为了指挥官，与朋友们一起来到了数码世界中，在那里认识了众多的数码兽同伴。然而他们将要担负起拯救数码世界的重任。为了防止企图称霸数码世界的巴古拉军而努力的收集著各个领域的水晶，令他们意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着…
●邪恶的死亡指挥官与七个王国
第31话至第54话
经过了第30话中的东京大决战後，数码世界已经落入了巴古拉军手中。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界。但是，数码世界已经相比之前的旅程过了几个月，数码世界亦变成了巴古拉军支配下的地狱世界。数码世界被巴古拉军分裂为七个国家（Land），并由七名可怕的巴古拉军将军所统治，而这七名巴古拉军将军就是本新篇章的主要敌人。此外，本篇章亦出现全新力量「超进化」。
●穿越时空的少年猎人们
第55话至第79话
与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬著大器学长的成员—明石激。一天，明石激被卷入了街上所发生的异变之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！
参考资料：百度百科