1、南开中学本校初中毕业生，以中考成绩为依据，前50名按男女均衡搭配（即男女各25名）原则进入南开班（即3班），如果前50中男生人数超过25人，超过的最后几名将被分入其他实验班。不足的女生人数将从外校考入南开的女生前几名中选出。
2、外校报考南开前50名按上述原则被编入5班。
3、签约进入南开实验班而成绩排名达不到进入5班标准的；未签约考入南开排名靠前且数学成绩在140分以上的；以及个别关系户被编入10、15、20班。
4、南开中学本部共20个班，其中1、2、3、5、10、15、16、18、19、20班为实验班。其中1、2、15、16、18、19班每班人数为55人。3、5、10、20班每班人数为56人。8、9、12、14、17班为48人一班。4、11、13班为49人，7班47人。
5、国际班标准：中考必须上南开录取线，中考成绩690以上的，免笔试，只面试，中考成绩690以下的，必须参加笔试、面试，考试。最后择优录取50人，组成2个班。
6、清北班1-2-3，以南开自己的优生为主，加了少量的主城其他学校的学生。清北班5班，基本上都是主城其他学校的优生为主。
7、如果学校的实验班数量达到两个以上，也会在满足考分的学生中按照平行分班的原则进行分配。等所有班级确定后，学校再组织教师进行抽签，最终公布各个班级成员和班主任的分班结果。
8、如果周围的同学都比他学习能力强，他就成了班里的“压底货”，心理负担远比别的孩子要重。还有的家长，本着为孩子减压的目的，把原本已经分进了实验班的孩子，生生拉到了普通班，家长认为这是为了孩子的幸福，实际是给了孩子挫折。
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