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双序列比对算法
详细介绍
双序列比对
、blast 以及多序列比对的区别,以及均适用于哪些场...
答:
双重序列比对:双序列比对是指对两条序列M和N进行比对,找到其相似性关系,这种寻找生物序列相似性关系的过程被称为双序列比对
。其算法可以主要分成基于全局比对的Needleman-Wunsch算法和基于局部比对的Smith-Waterman局部比对算法多重序列比对:多序列比对是双序列比对推广,即把两个以上字符序列对齐,逐列比较其字符的异同,使...
seed alignment
算法
(BWT)
答:
这篇文章就记录一下seed alignment 的BWT
算法
,不过,BWT算法原本用于数据压缩,而它的 压缩 和 解压缩 的过程也可以直接类比到, 参考基因组做索引 和 seed alignment 的
双序列比对
。以下步骤与图1一一对应: 举例:压缩字符串 ababc 输入字符串 ababc 第一步,添加标记 ababc...
序列比对
的
算法
过程
答:
实际操作中利用计算机程序实现序列比对的基本算法。
序列比对不仅需要考虑子序列之间的匹配,而且需要对整个序列进行比较
。也就是说,必须考虑两个序列中所有残基的匹配。这就意味着,不可能使所有残基都能严格匹配。在这种情况下,序列比对中确定空位的过程变得十分复杂。在进行序列两两比对时,有两方面问题直...
多
序列比对
的
算法
复杂性
答:
双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关,或者说正比于这两个序列长度的乘积
。三序列比对则可以理解为将双序列比对的两维空间扩展到三维,即在原有二维平面上增加一条坐标轴,这样,算法复杂性就变成了三个长度的乘积。随着序列数量的增加,算法复杂性也不断增加,对n个序列进行比...
多重
序列比对算法
策略有哪些?
答:
对关系密切的
序列
进行加权,然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列,并不断重新构建
比对
,直到所有序列都被加入为止。根据不同距离策略,主要
算法
有:Feng-Doolittle算法及以其为基础的改进程序包CLUSTER W,Multal,Pileup。同步法即同时比对所有序列。首先,确定某个目标函数,使得目标函数反映出...
生物学中常用的两种动态规划
算法
答:
(1)全局
序列比对
:1)两条序列可以在一个x- 和y-轴的矩阵中得到比对;2)如果序列一致,则可以得到一条通过对角线的路径;3)寻找最佳的次路径,然后将它们加起来得到最好的得分,这包括:需要时插入空隙(gap)允许保守替代 选择打分系统(简单的或复杂的)Needleman-Wunsch
算法
可以保证得到最佳的...
TBtools | 更灵敏但也准确的串联重复鉴定逻辑
答:
OK,那么就明白了,既然基因串要转换成序列,那么就是按照顺序排,
双序列比对
【注: 针人 或者 水人
算法
...】可以搞定,但是串联重复就会引起罚分。于是,作者给出的解法就是,那行,先把串联重复的给处理掉呗,比如缩减为一个。于是,可以明白,为什么MCScanX为啥会有串联重复结果...Emmm... MCSc...
比对算法
总结(一)——基于哈希表结构的比对算法
答:
目前的比对软件主要在第一步——构建索引数据结构上分为两类: (1)基于哈希表(Hash-table)数据结构的
比对算法
,一般通过创建参考基因组
序列
或者短序列数据集的哈希表数据结构实现比对定位。(2)基于Burrows Wheeler transforma(BWT)索引数据结构的比对算法,主要通过Burrows Wheeler transform 算法创建...
序列比对
结果的一根线是啥意思
答:
从早期序列比对工具Needleman-Wunsch、Smith-Waterman到后来的Clustal算法,以及近几年的Muscle、MAFFT
序列比对算法
。算法在向更快、更精确。为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。将两个或多个序列排列在一起,标明其相似之处。序列中可以插入间隔(通常用短横线“-”...
序列
匹配
算法
哪年出现
答:
1970年。
序列
匹配
算法
是一种在生物信息学中用于
比对
蛋白质或核苷酸序列的算法,该算法在1970年出现,是动态规划比较生物序列的首选应用之一,由于这种算法计算方便,要求简单,是人们首选的一个算法。
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