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测序出来的序列比对不上
建库
测序
中的若干问题(1)
答:
在与哺乳类基因组一起
测序
时,可以通过基因
序列比对
或数据拆分而将之去除。在测碱基不平衡的文库样本时,可以加入大量的 phix 文库,以部分抵消样本
的不
平衡性。也可以少量地加入phix文库,以作为 control library 来验证测序质量。Index可以容纳多少种文库? 以8碱基index为例,单端index文库理论上可以有4...
RNA-seq摸索:3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可...
答:
在进行双末端read进行比对时,来自同一DNA片段的高质量的一对或单个read可以定位到参考
序列上
。为避免混淆或多次计数,统计一对或单个read
比对上
的参考序列片段(Fragment),来计算FPKM,计算方法同RPKM。RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的
测序
方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。...
takara测序发给我的结果,包含三个文件,除了两个双向
测序的
结果以外,还 ...
答:
还有一种可能,R1是P1和P2的重叠区。详细情况也可以询问TAKARA
测序
部的服务中心。自己拼接的话,需要把其中一条序列反向互补处理,然后两条
序列比对
(alignment),然后重叠区加上各自头尾(5‘和3’)端的一段,就是完整
的序列
了。注:片段不太长的话(<700bp),我一般不做反向测序,没必要。
基因组
序列
分析中,序列一致性指的是什么?
答:
实际上,就是把每一个的gap
比对
,不管它延伸
出来的
区域有多长,都只看做是一次整体事件而不是多个——实际上这应该也更符合实际的生物过程,这就可以避免在BLAST中可能碰到的类似情况。所以,如果按照这个方法来计算,我们上面那个例子
的序列
一致性就变成了 43/(43+1+2+1) = 91.5%。看这个分母43+...
实验室菜鸟一枚,做的基因pcr后
测序
,用geneious软件对比,可完全不会看...
答:
比对
结果简单的说是为了让两条或者多条不同长度序列通过一致性的比较,掐头去尾,使其变成具有可比性的多条序列。如上图,出现很多的空格,就是为了让两条序列有一致性,软件自动添加的。比对之后下一步就是进行系统进化树绘制,使用mega等软件对比对好
的序列
进行系统进化分析···然后
出
图,描述,写...
怎样分析
测序
结果
答:
用Chromas等软件打开
测序
结果,查看峰图质量和序列是否正确。
比对序列
的话我个人更习惯用seqman软件
易基因|全基因组DNA甲基化
测序
分析全流程
答:
(二)
序列比对
经过质控的reads需要根据与参考基因组
的序列
相似度比对到参考基因组上。相比于常规基因组及转录组
测序
,WGBS测序方法产生的数据的特点决定其在比对时存在三大困难: (1)DNA片段正链和负链经过重亚硫酸盐转化后将不再反向互补,再经过PCR,便会产生四条不同的序列,这将大大增加比对时的计算量。 (2)经...
为什么DNA
测序的
结果比目标片段长 《急 在线等》
答:
如果做的不是很好在那个A峰后边的峰就会很乱,但已经不是你要的序列了)。如果是菌液的话你还是去和你
的序列比对
下吧!不过从LZ说的来看片段只有600左右,而峰图在552后就乱了那应该是已经把你所需的片段测通了!你可以去和你原始的序列比对下,至于多
出来的
有可能是你的载体序列,或者是一些什么...
序列比对
需要一样长么?在使用mega4.0对比的时候,需要序列一样长么,如果...
答:
比对
的时候应该可以不一样长,在后面进行距离或系统树分析时gaps/missing data 一项可选择完全删除(complete deletion)或比对删除(pairwise deletion)。 引物序列因是自己设计
的序列
,应该删除。
...对PCR扩增产物
测序
,结果与原
序列比对
同源性为60%,说明
答:
说明PCR用的引物特异性不好,扩增过程中出现了非特异性扩增。
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