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测序出来的序列比对不上
请问得到测序结果后,怎么在BLAST里证明
测序的
结果是我要的目的...
答:
1. 首先把
测序
后
的序列
和你目的基因的序列都拿到 2.到这个网页 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq 3. 在上面的大空格放入测序得到的序列,下面的那个放入目的...
如何确定
测序
回来
的序列
就是我要的目的序列?
答:
进行
序列比对
。可以在ncbi中进行blast比对,也可以用一些软件,如DNAMAN等。blast比对网址:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome 有一些细节说不清的。还是需要有人在旁边教,很简单,看一次...
在进行实际的多
序列比对
时,常采用什么样的策略
答:
在进行实际的多
序列比对
时,常采用的策略如下:手工比对方法在文献中经常看到。因为难免加入一些主观因素,手工比对通常被认为有很大的随意性。其实,即使用计算机程序进行自动比对,所得结果中的片面性也不能予以忽视。在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序基础上,结合实验结果或文献资料,对多...
...1与ITS4基因,送去
测序
,现在测序结果
出来
了,该怎样
比对
,
答:
不好意思,不太用这个账号了,没看到。应该已经解决了吧。请使用NCBI BLASTn.将
序列
输入,在基因组选项勾选other即可,默认的对照基因组是人类和小鼠。
怎么看质粒中his标签
序列
是否正确
答:
序列比对,DNA
测序
等方面来查看。1、将质粒中的His标签序列与期望的理论序列进行比对。使用专业
的序列比对
软件,如BLAST或ClustalOmega,将两个序列进行比对,查看是否存在不一致或突变。2、将质粒进行DNA测序,以获取完整的序列信息。与预期的His标签序列进行比对,查看是否存在任何突变或插入缺失。
RNA-seq中的常见问题汇总
答:
在第3步, PCR扩增时,同一个DNA片段会产生多个相同的拷贝,第4步测序的时候,这些来源于同!一!个!拷贝的DNA片段会结合到Fellowcell的
不
同位置上,生成完全相同的测序cluster,然后被
测序出来
,这些相同
的序列
就是duplicate。 这是duplicate的第一个来源,也是主要来源,称为PCR duplicates(PCR重复)。 同样,在第4步,生成...
转录组
测序
5-基因差异表达分析
答:
上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cleandata数据
比对
至参考基因组后,获得各基因上
测序序列的
覆盖度,并进而将其定量为基因表达信息。在上一节中,我们基于所有基因表达的FPKM值,对样本进行主成分分析后发现,不同处理组间的样本区分明显,并能看出这种差异比同组不同重复之间更加容易识别。我们可知,肯定存在一些...
本人从
测序
公司得到
序列
以后,但不知道是否是自己需要的,
答:
按照LZ说如果中间都
比对上
了那么测出
的序列
应该就是你需要的了 在
测序
开头的前几十个碱基是不可信的,同时一次测序最多能到800bp,所以从800bp左右开始
出来的
碱基也是不可信的了(如果测的质量不好有的时候从700甚至是600开始就出现不可信的碱基了)同时如果你想测到上游或下游引物那么只单单的测一个...
三个
测序
完全一样,系统发育树怎么同源性不是100
答:
有很多方法,可以下载软件也可以在线构建。在线构建可将你
的序列
输入PUBMED的Blastn中进行对比,结果中有一种就是系统发育树,但里面残余对比的序列太多,逆序挑选一下。软件有很多,比较简单的是DNAstar中的Megalin,但结果比较粗。推荐用Clustal X软件进行同源性
比对
后,运用MEGA3.0软件进行系统发育分析并...
关于
测序
结果的一个问题
答:
测序
的引物通常是有正向和反向的,你应该会发现反向互补的和正向
的序列
用的不是同一个引物吧。一个测序反应体系中只有1条引物,所以你测得序列与引物有关
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