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测序出来的序列比对不上
基因组
序列比对
算法介绍(一)
答:
其代表是Needleman-Wunsch算法。图一中,read3使用全部比对。局部比对(Local alignment):与全局
比对不
同,局部比对不必对两个完整
的序列
进行比对,而是在每个序列中使用某些局部区域片段进行比对。其产生的需求在于、人们发现有的蛋白序列虽然在序列整体上表现
出
较大的差异性,但是在某些局部区域能独立的发挥...
16srDNA 测出的两条
序列
都要
比对
吗?要拼接吗? 请高手指导一下,详细最好...
答:
双向
测序
得到的两个
序列
如果有重叠区的话,那么可以做拼接。另外NCBI的blastn可以做两个序列的比较,通过blastn比较可以看两个序列有没有重叠序列。做拼接有专门的软件,如DNAstar里面的SeqMan,VectorNTI里的contigexpress,DNAman里面的sequence assembly都是可以做拼接的。如果你把克隆的16srDNA克隆到载体上...
16SrDNA
测序
后在ncbi上
比对
答:
你之前也问过这个问题,我跟你说了不是直接上NCBI上比对的,NCBI上
的序列
是人人都可以上传的,你
比对出来
和某个序列99%相似,可能这条最相似的序列并没有被正式承认,也就是没有被正式学术资格的。你可以打开NCBI序列的详细信息,里面有标示是否unpublished,标有unpublished就说明是没有被认可的,这种...
50bp之前700bp以后突变
序列比对
算正确吗
答:
反应体系里有成千上万的DNA和primer分子,primer可能弱弱地结合在很多地方,当然绝大多数还是特异地结合在应该结合的地方,并起始
测序
反应。非特异结合的反应不会进行太久,并且采集到的信号是混乱的(来自多处)。只有真正结合的位点的信号最终会持续进行PCR反应,并被突出
出来
。至于测到800-1000bp后signal...
测序
完成后怎样检测测序结果的准确性
答:
1、看
测序
质量:Q20、N多不多。2、GC含量是否分离,与基因组相比较是不是差距较大。3、如果有基因组的话,和基因组
比对
一下,看比对效率高不高。4、如果测序测的深度够深的话,一般不用检查,单条
序列
的准确性低对后续分析影响不大。
短
序列比对
及常用文件
答:
和长
序列比对不
同,短序列比对有其自身的特点与应用。就是将
测序的
reads 重新定位到基因组上,这个过程也叫做 回帖 、 mapping 。覆盖深度,coverage depth,也叫做覆盖度、乘数,是指 每个碱基被测序的平均次数 ,是用来衡量测序量的首要参数。覆盖比率,coverage ratio,覆盖率,指 被测序到的碱基占全...
怎样进行
序列
同源性
比对
答:
获取待
比对序列
:这是比对过程的第一步,序列可以来自实验室的
测序
数据,也可以是公共数据库中的已知序列。确保序列的准确性是比对的关键前提。选择合适
的比对
工具:不同的比对工具适用于不同的场景。例如,BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)广泛用于核酸和蛋白质序列的相似性搜索,适用于大量序列...
不准确为什么基因
测序的
结果一般会认为
序列
两端不
答:
克隆
出来
基因
序列
并测序之后,通常先要鉴定这个序列是不是符合我们要求的,通常用生物信息学的方法,去ncbi做一个blastx,通过比对结果来判断这个序列是什么基因,此外,blastx结果会给
出比对的
方向,很容易就可以判定你
测序的
那条序列是正向的还是反向的,如果是反向的,那么就需要把它进行互补翻转,就得到了编码...
怎样分析
测序
结果
答:
如果已知这个基因
的序列
,则将你
测序
得到的基因序列与已知的序列相
比对
,分析看两者在哪个地方不对应,不对应的地方即为突变的地方.
比对
的软件有sequencher,或者去NCBI网站点击BLAST进行.2.如果你测的是一个以前未知的序列,那么要测几个不同的单克隆,将测得的结果进行比对,分析一致的地方以及不一致的地方.
...pcr检测都是各自的正确长度 菌液
测序
结果却都是一个基因
的序列
...
答:
这种情况需要做检测进行排查。首先PCR产物进行跑胶,看条带大小是否正确,你应该是直接扩增结束后就送
测序
了,才导致结果是空的;此外,这是连接到质粒上的片段吗,还是单纯的扩增的基因片段,需要注意测序引物是否正确,如果引物不正确,测序结果也就不对了。
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