法律分析：1、证件名称不同：房产证全名为《中华人民共和国房屋所有权证》；不动产权证书全名为《中华人民共和国不动产权证书》。在不动产权证书里面还有一个二维码，市民通过手机扫描后即可了解相关信息，同时还有防伪功能。2、监制机关不同：房产证监制单位为中华人民共和国住房和城乡建设部，国务院机构改革前，为中华人民共和国建设部；而新的不动产权证书，监制单位是中华人民共和国国土资源部。3、权证编号不同：房产证包括两个编号，分别是建房注册号和房屋所有权证号；不动产权证书也包括两个编号，分别是证书编号和不动产权编号。
法律依据：《不动产登记暂行条例》 第七条 不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。跨县级行政区域的不动产登记，由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。不能分别办理的，由所跨县级行政区域的不动产登记机构协商办理；协商不成的，由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条 房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。