当海关在进行稽查过程中，若发现被稽查人存在违反海关监管规定的行为，将会依据《海关法》以及相关法律、行政法规进行处理。在作出行政处罚决定前，海关会确保被稽查人了解其依法享有的权利。
若稽查发现涉及走私犯罪或犯罪行为，海关会将案件转交相关部门进行后续处理。针对稽查结果，海关会追征或补征因少征或漏征的关税和进口环节税，所有收入将上缴国库。对于违反规定和走私行为的，海关会给予相应的行政处罚，包括对违规行为的罚款，最高可达30000元，情节严重者可能会被取消报关资格，并对相关责任人处以1000元至5000元的罚款。
具体来说，如果被稽查人提供虚假信息或隐瞒重要事实，拒绝或拖延提供账簿、单证等资料，或者转移、隐藏、篡改、销毁相关资料，海关会要求其在规定期限内改正，逾期未改正者将面临10000元至30000元的罚款，严重时可能失去报关资格，相关人员也将面临1000元至5000元的罚款。
对于未按规定设置或编制账簿、单证资料的情况，海关同样会要求改正，逾期未改正者将受到10000元至50000元的罚款，情节严重时将取消报关资格并处罚相关责任人。
最后，如果海关工作人员在稽查过程中存在玩忽职守、徇私舞弊、滥用职权或贪污受贿行为，无论是否构成犯罪，都将根据《海关法》、《国家公务员暂行条例》等法律法规进行相应的处理或追究刑事责任。
海关稽查，是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进口货物的海关监管期限内，对被稽查人的会计帐薄、会计凭证、报关单证以及其他有关资料和有关进出口货物进行核查，监督被稽查人进出口活动的真实性和合法性。