农村合作医疗有二次报销，但必须是参加了正常新农合报销之后，剩下的自付费用超出了上一年的全市农村居民年人均水平，超出的部分才可以申请二次报销。参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。二次报销是有时间限制的，一般在出院后半年内也就是六个月的时间，就应该申请二次报销。超过这个时间，会导致不能进行二次报销。半年的时间是非常充裕的，建议用户在出院后，及时申请二次报销。毕竟时间拖得越久，发票、就诊证明、住院证明等资料容易遗失，缺少报销材料会影响到二次报销。
二次报销需要的条件：
1.必须是在定点医疗机构治治疗。
2.符合当地规定的医疗保险的报销范围。
3.当事人自己垫付的医疗费用已经超过了本地上一年度居民的人均可支配收入。
4.患的是国家认证的纳入医保大病报销范围的疾病。
参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。新型农村合作医疗报账指南住院报账程序：医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。镇新型农村合作医疗办公室报账：报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。所需材料：出院证、正式发票、费用清单、户口本、身份证、农村合作医疗证。外地住院，还需备齐：住院小结、住院首次病程记录、出院记录。区外住院，还需备齐：入院记录、出院记录。
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【法律依据】：
《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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