酸奶被巴氏杀菌热处理后各种有益菌都会随之死亡，因而营养价值也不会太高。
巴氏灭菌法，亦称低温消毒法，由法国微生物学家巴斯德发明的冷杀菌法，是一种利用较低的温度既可杀死病菌又能保持物品中营养物质风味不变的消毒法，常常被广义地用于定义需要杀死各种病原菌的热处理方法。
国际上通用的巴氏高温消毒法主要有两种:
1、将牛奶加热到62~65℃，保持30分钟。采用这一方法，可杀死牛奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
2、将牛奶加热到75~90℃，保温15~16s，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养损失。