甘薯淀粉生产过程中要产生大量的废水，废水消化处理可采取减排法，通过循环利用，提高水的利用率，减少排放量。通过设计科学合理的工艺流程，使不同洁度的水用于不同需要，精加工废水用于粗加工的洗涤和分离，必要时增加过滤和沉降设施；土地吸纳直接浇灌法，是将废水直接排放到闲茬秋翻地，通过土壤吸纳和微生物降解等过程，为下一茬作物提供土壤的肥力积累；蓄纳降解法，是将废水用水池蓄纳起来，让其自然降解后，再用于农田灌溉；建立污水处理系统，此法运转成本高，对于小型企业和农户难以采纳。
甘薯在生产淀粉过程中同时产生大量的薯渣，由于薯渣里含有丰富的膳食纤维（一般含25%～30%），利用薯渣提取膳食纤维可以变废为宝，提高甘薯资源的综合利用率，增加农民收入，其工艺流程为：薯渣（干粉）→粉碎→α-淀粉酶水解→碱处理→酸处理→糖化酶水解→过滤→洗涤→烘干→粉碎、过筛→成品。
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