1953年，太和县医药公司成立（安徽华源医药股份有限公司是由该企业多次改制、改名演变而来）
1991年，王军任太和县医药公司经理，制定“一年扭亏、二年盈利、三年振雄风”的经营战略
1995年，太和县医药总公司成立，下辖5个分公司：太和县西药公司、太和县药材公司、太和县新特药公司、太和县药品经营公司、太和县医药工业公司
1996年，太和县医药总公司兼并太和县仁济制药厂
1997年，太和县医药总公司兼并太和县木材公司和精细化工厂
1999年，太和县医药总公司改制成立安徽省太和医药股份有限公司，下属太和县西药有限责任公司、太和县药材有限责任公司、太和县新特药有限责任公司、太和县药品经营有限责任公司、太和县医药工业销售有限责任公司
2000年，创建太和县仁济彩印厂，兼并太和县五谷神饮料厂
2002年，安徽省太和医药股份有限公司及其下属5个分公司资产重组，建立一个单位---安徽仁济医药股份有限公司，下辖5个分销公司：安徽仁济医药西药分公司、安徽仁济医药药材分公司、安徽仁济医药新特药分公司、安徽仁济医药药品经营分公司、安徽仁济医药工业销售分公
2003年4月8日，安徽仁济医药股份有限公司与中国华源集团合作，成立安徽华源医药股份有限公司
2003年8月，安徽华源医药股份有限公司被中国企业信用协会评为《全国诚信示范单位》
2003年9月10日，安徽华源医药电子商务公司成立
2003年11月26日， 安徽华源医药股份有限公司通过GSP认证
2003年12月13日，安徽华源医药股份有限公司、海南中和集团有限公司、北京密云县工业开发区总公司、北京中信医药实业有限公司合作组建“北京华源中和医药物流配送有限公司”协议书签字
2003年度，企业党委书记王军、董事长倪小伟、总经理康中原均被中国企业联合会评为“优秀企业家” 2004年1月8日，安徽华源医药股份有限公司与阜阳民航合作签约
2004年1月，安徽华源医药股份有限公司被中国质量万里行促进会聘为“理事单位”
2004年2月29日，安徽华源担保有限责任公司成立
2004年6月，上海华源宁夏沙赛制药有限公司成立
2006年5月21日，安徽华源医药新药销售大厅开业
2006年6月21日，北京华源仁济医药有限公司成立
