京杭运河北方段的衰落最早因为1855年黄河夺北方河道入渤海，一下子淤塞了今天的山东济宁段，南北不通，导致从北京到南方的生命线被阻断。后来这部分运输被迫从海路转运。
但是为什么不修呢？因为后来不久，1890年代英法德等国家计划修建一条连接天津和南京的铁路——津浦线。津浦线的建立，导致京杭运河北方段进一步衰落。天津西站到南京浦口这段铁路今天是京沪铁路的一部分，但在民国年间就是联系南北的要道。（朱自清在《背影》中提到的坐火车北上就是津浦线）当年抗日战争中的徐州会战，百团大战，以及后来的淮海战役，津浦铁路都发挥了极其重要的角色。（或者借助它运输人员物资，或者破坏它阻挡敌人的进度）除了以上两个原因，市政建设侵占河道，也使得南运河的宽度和深度都很有限。这个北方南运河（卫运河）是在原先卫河的河道基础上形成的，但是卫河流经的几个地方都因为后来城市发展侵占了不少原来的河道。天津、沧州、德州、临清、聊城等都有不同程度的占用河道的情况。1996年，北方干旱，我小时候下南运河天津段，水深只到腰部。后来天津整修南运河天津段，清除污泥、建设堤岸，最深处虽然已经有四米，但宽度仍然非常尴尬，最窄处仅为二十米（井冈山桥）。不过这并不意味这南运河“无效”，南运河今天是南水北调东线的重要输送渠。天津自来水厂一部分坐落在南运河与中环线交界，原查氏水西庄原址内。而京津北运河段，潮白河和北运河在流经北京之后就几乎无水了。所谓北运河疏浚，只有象征意义，而无实际效果。北京上游的水到今天天津桃花堤，即老北洋大学堂旧址那里被挡水闸拦住。北运河在今天已经基本等于死水了。而更加重要的问题是京杭运河无法穿越黄河，打通之后，造成黄河水下灌，造成的后果也是灾难性的。不过大运河在淮安以南大部分地区的运输能力还是可以的。我曾经走过几个城市杭州，无锡等，水里面的船队不少，大多是北煤南运，或者沙土石料船为主。这些东西一般是周期性需求或者陆运成本高，因而通过水运来缓解成本压力。我觉得运河经济很难在今天发展，主要有内因外因各种原因共同决定的。比如，政策上，各省缺乏联动机制，共同决策、共同管理。外在条件看而且由于运河中不能走集装箱而只能走散货，而过多和低矮的河道桥梁又导致船舶必须经过良好设计才能使用，影响了运河的使用。自然上看，即使北方段疏浚之后因为缺水也会难以为继。今天北京已经有2000万人口，这些人每天的用水量是惊人的。李鸿章称天津是“九河下梢”，但是今天天津这九条河，除了山西来的子牙河径流量还说得过去，潮河，白河，永定河，新开河，滹沱河都完全断流或约等于断流。因此整个北运河不具备通航的条件。成本上看，北方运输已经基本上依赖公路和铁路，除去运河运输需要开河、建桥、改船和引水外，还需要考虑船闸的问题。京津之间北运河，原有十三道船闸，杨村、河西务、高碑店，甚至通州等都是古船闸所在地，今天虽然不用人工拉纤来完成逆流运输，但是河道是不是能满足还真不一定。
2006年京杭运河成为国家重点文物保护单位，京杭运河在今天的使用需要更进一步的详尽的思考。今天还有北京社科院专家说提出什么“京津海陆运河”的想法，我认为非常不现实。
因为大运河北段自19世纪中叶停止使用，因此当初的船户大量落籍在运河两岸，侵占河道。而相应伴随着城市发展，许多城市桥梁为了节省成为，便在不再考虑运河运输功能的情况下，减小跨度，使得运河进一步不具备运输功能了。仅举我比较了解的天津的例子，南运河上，大丰桥、井冈山桥等都仅距离河面3-4米的高度，这样的高度几乎不具备行驶船舶的条件。
2000年以后，国家开始以省为单位，进行京杭运河整理改造，各省修整运河风貌，改良景观，拆除违建。但是历史遗留的问题并没有改变，那就是狭窄且浅的河道，这个问题在南运河非常明显。——北运河段虽然河道较宽，水深也可以满足，但是水量也并不满足。如果南北运河同时进行修整，恐怕仅仅是拓宽河道、拆迁安置、修改道路、切改管线、重建桥梁、挖吹淤泥、截弯取直、修整船闸和整顿航务这些事项就需要何止千亿！何况许多地铁、铁路在在运河两岸或河底运行，重新开航运河，不仅仅是金钱和时间，更会造成一些其他未知的安全隐患。
重点在于山东段，江苏段本来就可以通航。鲁西经济较落后，山东更要拿出大气魄，修通运河，带动两岸经济发展。因为水运价格低，大宗物品如煤炭粮食钢铁都可以通过运河来解决。减少船闸，也可以发展旅游。从杭州到天津的游船，应该有市场。有人谈到北方缺水问题，很好解决，在山东河北建设几个大型的人工水库（来源就是夏季洪水），平时可以供应航运，夏季把从长江来的洪水蓄住。是不是觉得南水北调中线没有必要？还引得汉江流域普遍不满。大型水库可以改善气候，补充地下水，改变华北平原干旱的现状。南水北调主要通过夏季南方的雨季来解决，不去改变当地的生态。费用由通行费来解决，进入良性循环。
