事业编制和行政编制的区别主要体现在职业发展和经济待遇方面，具体来说：
在职业发展方面来说，事业编制和行政编制之间存在者巨大的差异。一方面，从职业的发展宽度上来说，行政编制比事业编制有着更多的选择。一般来说，行政编制个人职业的发展，既可以走职务晋升的路线，在职务方面可以按照行政副科-行政正科-行政副处-行政正处等晋升，也可以走职级晋升的路线，在职级方面按照四级主任科员、三级主任科员等职级晋升，而且两者可以兼顾，例如某人的具体职务可以是副镇长、二级主任科员。而对于事业编制来说，只能有一种选择，或者是走技术职称，或者是走管理等级，在技术职称方面，按照初级-中级-高级不断晋升，而在管理等级上，按照事业编制副科（管理八级）-事业编制正科（管理七级）等不断晋升，而且晋升难度很大，也不能同时兼顾专技和管理两种晋升路线。
另一方面，从晋升的潜力上来说，两者差别更大。行政编制基本上就是公务员隐洞，在行政机关工作，而行政机关的职数设置往往都是按照略低于单位总编制数来设置的，在这样的情况下，如果是地市级机关的公务员，晋升科级基本上毫无压力，即使是基层的公务员，在职数受到限制的情况下，仍然有着很大的机会晋升，最终还有职级晋升为其兜底，但是，对于事业编制干部来说，在部分管理型事业单位当中，虽然也有设置相应的领导职数，但是与单位本身的在编人员相比较，领导职数往姿携森往仅占干部人数的极小部分，这就意味着大部分管理岗位的事业编制人员没有晋升的机会，这种情况在基层乡镇最为明显，大部分事业编制干部工作的时候是管理九级，退休的时候还是管理九级，而对于专技岗位来说，虽然晋升相对容易，但是，仍然和行政编制存在着比较大的差异。
在经济待遇方面来说，事业编制待遇也要低于行政编制。一般来说，事业编制的工资收入都是参照行政编制的工资待遇确定的，虽然低于行政编制，但是差距并不会太大，但是，行政编制有着各种补贴，而事业单位则不全都有，比如常见的公车补助，事业编制基本上没有，而行政编制却按照政策发放，有些年终奖金绩效考核，也只有行政机关才在考核的范围，相应的奖金自然也只有行政编制能够领取，退休和死亡待遇，事业编制和行政编制也存在差距。当然，在工资收入方面，并非所有的事业编制都低迹亩于行政编制。部分差额拨款的事业单位因为有着自己的收入，因此，单位内部的事业编制工资收入还是很高的，而且高于同级别的行政编制收入，不过这种情况只有在部分有营收能力的事业单位才存在，最常见的就是医院单位。