广州水上巴士航线共有14条航线，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统。根据航线不同、码头不同，每条航线的时间有所不同，其中s12线和s14线为定制发班，与其它航线不同。
S1线路航线时间：金沙洲码头：07:00-18:00
黄沙码头：07:30-18:30
S2线路航线时间：工作日07:00 08:00 17:00 18:00
S4线路航线时间：西堤码头06:45-20:22
鳌洲码头06:52-20:30
S5线路航线时间：第一段07:15-19:45
第二段05:45-22:00
S6线路航线时间：06:00-22:00
S7线路航线时间：天字码头06:45-19:00
纺织码头06:38-18:52
S8线路航线时间：省总码头07:00-18:30
堑口码头07:08-18:38
S9线路航线时间：白蚬壳码头07:00-18:30
白鹤洞码头07:10-18:40
S10线路航线时间：鱼珠码头05:45-23:50
长洲码头05:45-24:00
S12线路航线时间：定制发班
S13航线时间：07:05-18:25
S14线路航线时间：定制发班