行政组织编制管理直接涉及政府部门设置和人员配备，政策性强，影响深远。为了切实搞好编制管理，应遵循以下基本原则。 包括三个方面的内容：
1）统一领导，严格按照国家的统一规定、统一制度、统一程序进行，不得制定与国家政策和法规相违背的“土政策” “土制度”“土办法”来擅自建立工作部门，任意扩大编制。
2）统一职能目标，明确划分各行政机构的职责权限，保证同类行政事务由相同行政机构负责，防止机构重叠，政出多门。
3）机构设置要统一完整，既要做到每个行政机构各自形成有机的整体，也要做到任何行政机构都是全国政府机构的一部分，从而形成既有最高指挥，又有逐级指挥与服从；既有分工，又有合作的上下衔接配套、左右功能齐全的组织体系；还要做到机构的名称、级别也要大致统一，不得自立称号，随意升格。 职能管理，是指配置、协调各级机关及其各部门职能的一种行政行为，它是根据国家在一定时期内的方针政策以及社会经济文化等发展的需要，对各组织机构的职能进行配置、协调的活动过程。
职能是组织机构得以设立的依据和基础。把职能管理作为编制管理的内容之一，是在1988年同务院机构改革研正式明确的。这是因为很长一段时间以来，人们在进行机构改革时只是把注意力放在机构的撤并和人员的裁减上，表面上看改革似乎取得了一些成果，但随着时间的推移，人们发现裁撤的机构又变得臃肿，人员又不断回流增多。究其原因，是由于没有从机构膨胀、人员增多的深层次原因着手，没有注意到行政职能的调整与变革。因此，1988年开始的改革吸取这方面的经验教训，没有搞单纯的机构撤并与人员裁减，而是开始根据政府总体职能配置的要求，首先确定各部门的职能，再根据职能确定机构和人员编制，即定职能、定机构、定人员编制的“三定”方针。把定职能作为定机构、定人员编制的基础，表明了对偏制管理认识的深入。
根据《国家机构编制委员会工作规划（试行）》的规定，职能管理主要包括如下方面：
1．在拟定机构改革或行政管理体制改革方案时，提出转变政府职能、调整政府职能体系的总体意见。
2．在各部门实行“三定”对，合理配置各部门的职能，帮助各部门搞好职能配置的研究，制定具体方案。
3．协调各部门之间的职责分工。这是职能管理的一项经常性的业务工作。
4．协调同级政府部门与下级政府相关部门之间的职责分工，以及政府部门与企业、事业单位、群众团体、其他国家机关之间的职责分工。 机构是职能的载体，职能通过机构及其活动得以实现。没有一定的机构及其活动，组织目标和职能就不可能实现。同时，机构又是人员编制的基础，没有机构，人员编制无从谈起。因此，保证组织机构科学合理，加强组织机构的管理，显得尤其重要。
所谓机构管理，主要是指对机构设置与调整的管理，具体包括对机构的总量、性质、级别、名称、规模等诸多内容的管理。
第一，根据各级政府的职能总量及类别，确定每级政府机构的总量规模。如规定省级政府机构总数为40个左右。县级政府机构总数为30个左右等等。
第二，划分机构的属性。即根据机构所承担的职能性质的不同，将机构分类，以便准确地确定机构的属性、合理地界定职能，为核定人员编制奠定基础。
第三，对机构级别的管理。主要是指用法规或规范性文件规定机构的行政地位，明确其层级节制的关系。
第四，对机构名称的管理。即根据组织机构所处的地位、级别、所属关系、工作内容和性质，规定机构的名称。名称要反映机构的业务性质、级别和层级，并要做到统一、规范。如我国当前“局”的名称就很混乱，有国务院直属局、部属的二级局，省、市、县也都设有相应的局，就不能反映其级别和层级。
第五，对机构规模的管理。主要包括对各部门内设机构数量的控制，以及对工作人员数量的限定。机构的规模应与机构承担的的工作的性质、难易度和数量相适应， 人员编制，是行政组织为了实现组织目标、履行法定职能，经过被授权的机关批准而确定的单位内部人员数额、结构、领导职数、员工数额等。人员编制管理是行政组织编制管理中最大量、最经常的工作。组织目标最终能否实现、职能及机构管理是否科学合理会直接影响并反映到人员编制中来，因此科学的人员编制管理具有重要意义。
人员编制管理的具体内容有：
1．制定各级政府编制比例和编制标准。
编制比例，是指编制员额与核定编制所依据的事物数量之间的比例关系。各级政府所辖的面积、人口数量、经济发展水平都是核定编制的依据，在它们与编制之间有一个数量比例关系，这个数量比例关系的确定是编制管理走向科学化、规范化的重要内容。
编制标准，是指按编制比例确定的各级政府机构和人员的总数额规定。它是对各级政府和属于行政编制范围的各类组织的编制的具体规范。编制标准还应包括一定年限内合理的增减幅度，以适应政府职能不断变化的需要。
编制比例和编制标准是使编制管理走向规范化、法制化的重要手段，因此对其科学性要求很高。
2．核定各部门人员编制总额。
根据编制比例确定各级行政组织的编制标准后，再制定各部门、单位的人员编制总额。它是为完成组织目标，履行本层级、本单位职能所必需的核定人数，它受社会需要、国家财政收入和编制标准的制约。
3．确定人员编制结构。
即确定全国行政组织和它的各个层级、各个部门的人员编制结构。它包括领导职数与被领导职数的比例、业务人员与辅助人员的比例、文职人员与工勤人员的比例、不同年龄层次的比例、各种学历以及文化程度的比例等等。其目的是使各种人员能够得到最优的结合，使行政组织整体力量大于个体力最之和。
