明末，社会矛盾继续加深，土地空前集中。神宗时，皇室的庄田达两万一千多顷，其中一部分已扩张到江南。神宗之弟潞王朱翊谬在湖广等地占田四万顷。神宗子福王朱常洵在山东、河南、湖广占田两万顷，三女占田共七千五百顷，以后桂、惠二王又占田一万顷。直隶、山西、山东、河南、四川、湖广等省王庄密布。地主官绅也争相置产，这些人对田土的侵夺，比王庄、皇庄尤剧。河南的缙绅富室占田少者六七百顷，多者千余顷。在土地肥沃的苏、松、杭、嘉、湖五府地区，已达到“有田者十一，为人佃作者十九”的程度。在拥有水利灌溉的成都平原地区，十分之七的土地是王公占田。在封建地主阶级兼并土地过程中，大量劳动人民沦为贵族、地主的佃农、雇工和奴仆。王公、勋戚向佃农征收高额银租，每亩地收租银三分、五分，甚至一钱。桂惠二王年收租银至三万两，福王每年收租银达四万六千余两。一般地主豪绅则主要征收实物租，江南一亩之收，多则三石，少者不过一石，私租却重至一石二三斗至两石。除正租外，还有各种附加租额和从地主那里转嫁来的差役、赋税和高利盘剥。
贵族、地主对佃农的人身束缚也很严重。河南等地的佃农不仅须无条件地替地主服各种杂役，而且未经地主给假不得自由行动。豪绅地主和王府亲随在各地私设公堂、吊拷租户、驾帖捕民、格杀庄佃，无所不为。沦为长工和奴婢的农民，无论在法律上和实际生活中都没有自由可言。神宗时，江南等地的地主士绅往往有役使奴仆千百人者。奴仆的身份比长工、佃农更为低贱，一经与主人立契，世代都不能脱籍，时称“世仆”。
封建国家的赋税徭役也极为苛重。一条鞭法在具体执行中弊窦滋生，难以减轻广大贫苦农民的负担。丁银(即分配到丁口中的差役银)苛重，分配不均。有的重至三分、五分，还有的重至一钱、三钱甚至五钱。地主富户往往买通官吏，躲避差徭，把丁银分派在无地或少地的农民身上。在折银方面，贫苦农民需卖粮食缴纳赋役银，又要遭受高利贷和商业资本的盘剥。许多人无银可纳，无粮可卖，无贷可借，只有流亡。
田赋加派不断增多。万历四十六年，明朝统治者因辽东的战争，在各地加派赋税，称为“辽饷”。崇祯时又因镇压农民起义先后加派“剿饷”和“练饷”，旧饷加三饷每年要增赋银两千多万两。地方官吏还从中加征“火耗”，甚至加二加三，以至一些中小地主也相继破产，农村经济日益凋敝。
为了攫取更多的货币，躲避差徭，官绅地主多兼营官店、牙行、囤房、典债、盐酤等。在北京的勋戚王公除霸占庄田外，又纷纷经营窑场(煤窑、灰窑)，开设店铺。他们利用封建特权在各地包揽商税，垄断市场，无所顾忌地掠夺城市贫民、小商人、小手工业者的财富。
与此同时，明朝政府也加强了对工商业城镇的掠夺。从万历二十四年起，神宗派出大批矿监税使，以征收矿税、商税为名，在各地大肆搜括各种珍宝和金银。这些宦官在各地公行抢掠，随意捕杀人民，还在城乡交通路口设置关卡，苛税极其杂多。工商业比较发达的城镇中，不断出现店铺倒闭、手工业工人失业的现象。在矿税监的横暴掠夺下，城市的工商业日趋凋敝。自二十七年后，各地纷纷爆发城市居民反对矿监税使的斗争，参加斗争的基本群众是城市的下层居民，包括小商人、小手工业者和城市贫民。较大规模的城市居民的反抗运动，反映了封建社会后期阶级矛盾的激烈和扩大。
封建统治者更加穷奢极欲。明神宗除挥霍每年送入皇宫的一百二十万两金花银外，还觉用度不足，一次即向户部索银二千万两，皇太子和公主的婚礼费用银达九百三十四万两，皇帝修陵墓用银达八百万两，宫内奴役宫女九千人，宦官上万人。而贫苦农民在残酷的封建剥削下，却经常吃草根树皮，在灾荒的年月甚至吃雁粪、白土和石粉，到处是饥馑和死亡。万历十五年前后，被统治者称为“饥民”“叛民”“山贼”“流寇”的破产农民，已经不断掀起聚众抗官的斗争十六年，在今安徽、湖北、江西交界地区，爆发了刘汝国领导的农民起义。起义军“割富济贫”，队伍很快发展到数万人，刘汝国自称“顺天安民王”“划富济贫替天元帅”。次年春，刘汝国被俘牺牲，起义失败。明朝后期，各地农民也纷纷利用白莲教组织起义，其中主要的有熹宗天启二年五月，徐鸿儒、王好贤等于山东郓城一带领导的起义等。
明代后期，统治阶级内部的斗争也十分复杂尖锐。以皇帝、宗室、宦官、勋戚为主的皇家地主集团和包括权臣以及各地官绅在内的官绅地主集团是当时社会上主要的统治势力。中小地主、中下级官吏和地主阶级知识分子的一部分依附在大地主集团的周围，是大地主集团利益的维护者，在万历时分为浙、楚、齐、昆、宣各党，天启时大多合为阉党。另一部分则在经济上受排斥，政治上无势力，为了挽救明朝的统治危机，他们也形成一股政治力量，与大地主集团展开激烈的冲突，被称为东林党。东林党人是大地主集团的反对派，代表了中小地主阶层的利益，他们的主张也部分地反映了新兴市民阶层的要求。尽管非东林党之间也有矛盾，但它们都一致攻击东林党。在这些党派之中，以浙党声势较大，浙党首领沈一贯、方从哲还先后出任内阁首辅，地位十分显赫。
万历后期，党争以争国本为主线，先后有三王并封之争、福王就国之争、三案之争。李三才人阁的事件也成为当时党争的中心。在党争过程中，东林党人反对当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对田土的掠夺，反对矿税监的横征暴敛。其斗争有一定正义性，也产生了一定的成效。在东林党的反对下，神宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的势力受到一定的压抑。
熹宗天启年间，党争达到高潮。最初，东林党曾占上风，不久，反东林诸党与宦官魏忠贤相勾结，形成“阉党”，对东林党施以残酷的报复。天启五年，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章被逮锦衣卫狱论死。六年，又先后逮捕高攀龙、周顺昌、黄尊素、缪昌期、李应升、周宗建、周起元等人，高攀龙在无锡自杀，其余皆人北京诏狱，蹂躏以死。各地群众为了保护蒙冤的东林党人，进行了反阉党的斗争。同年三月，魏阉缇骑到苏州逮捕周顺昌，苏州群众极为愤慨，方开读假诏时，群众即起而打击缇骑，当场击毙缇骑一人。后为首的颜佩韦、周文元、杨念如、马杰和沈扬五人被处死。这次事件即著名的“开读之变”。