底泥是在长期积水及有生长季积水的环境条件下生长有水生植物或湿生植物的土壤。在人工湿地中也可称为基质。
湿地底泥是湿地植物的直接支撑者，湿地土壤的类型、结构和肥力状况直接决定湿地植物的类型、数量和质量，并通过食物链影响湿地动物的类群、生长和发育，最终影响湿地生态系统的物质生产。同时湿地土壤也是湿地微生物、湿地土壤动物的生活场所，是土壤微生物和土壤动物生活的“基质”。湿地土壤通过影响植物和微生物来影响污水的净化。
湿地土壤具有“养分库”功能，它可以提供湿地植物生长发育所需要的全部养分元素。不仅如此，湿地土壤和其土(泥)水界面的物理化学反应机制影响元素的形态和数量。研究表明，湿地土壤缺氧具有不均一性，在与含氧水相接触的几毫米表层中氧的浓度仍较高，表层中的化学和微生物状况类似于好气土壤，而表层下面氧的浓度几乎为零。氧化表层中Fe3+和Mn4+氢氧化物的存在，意味着湿地土壤能吸收和保留存在于表面水中或从还原层下面扩散到表层中的磷酸盐、二氧化硅、锰、钴、镍和锌。因此，氧化层累积有磷、硅、锰、钴、镍和锌。反之，含硫化氢的永久还原性的湿地土壤趋于积累铜、汞、铀、钼和磷灰石。可见，湿地土壤“养分库”在提供和蓄留某些养分元素的功能方面具有极其重要的生态意义。湿地土壤是湿地化学物质转化的介质，也是湿地植物营养物质的储存库。湿地土壤的有机质含量很高，有较高的离子交换能力，因此，土壤可通过离子交换转化一些污染物。湿地土壤对有毒物质的“净化”机理，主要是通过沉淀作用、吸附与吸收作用、离子交换作用、氧化还原作用和代谢分解作用等途径实现的。