畜禽舍中的有害气体主要指畜禽呼吸、粪尿、饲料、垫草腐败分解产生的氨气、硫化氢、二氧化碳和甲烷等有害气体。
（1）氨
氨是无色、具有强烈刺激性气味的气体。氨的密度小，在温暖的舍内一般会升至舍顶，但由于氨是在地面和畜禽周围产生的，故在畜禽舍地面含量也较高，特别是当畜禽舍内潮湿、通风不良时，舍内氨的浓度就会更高。
氨对机体的损伤作用取决于氨气浓度和作用时间。氨气一方面可通过直接接触作用损伤黏膜而引起炎症，如结膜炎、呼吸道炎症（支气管炎、肺炎和肺水肿）；另一方面氨还可通过肺泡进入血液，引起呼吸和血管中枢兴奋。高浓度的氨可直接刺激机体组织，使组织溶解坏死，引起中枢神经麻痹、中毒性肝病和心肌损伤等。
（2）硫化氢
硫化氢为无色、易挥发、有恶臭的气味，刺激性很强，易溶于水，比空气密度大，靠近地面浓度更高。
硫化氢易溶解在畜禽呼吸道黏膜和眼结膜上，并与钠离子结合成硫化钠，对黏膜产生强烈刺激作用，使黏膜充血水肿，引起结膜炎、支气管炎、肺炎和肺水肿，表现流泪、角膜混浊、畏光、咳嗽等症状。硫化氢还可通过肺泡进入血液，被氧化成硫酸盐等而影响细胞内代谢。硫化氢气体是一种强毒性神经中毒剂，高浓度时还会使呼吸中枢神经麻痹。畜禽舍内超过550毫升/米3就可以直接抑制呼吸中枢，使猪、鸡窒息而死。畜禽舍硫化氢浓度不宜超过10毫升/米3。
（3）二氧化碳
二氧化碳为无色、无臭、略带酸味的气体。二氧化碳无毒，但舍内二氧化碳含量过高，氧气含量相对不足时，会使畜禽出现慢性缺氧、精神委靡、食欲下降、增重缓慢、体质虚弱等症状，易使畜禽降低抵抗力和感染慢性传染病。
（4）一氧化碳
一氧化碳是无色、无臭、无味的气体，难溶于水。一氧化碳主要来自燃料不完全燃烧时所产生的废气。在用火炉采暖的猪舍，在育雏室、肉鸡舍用火炉加热而排气不畅或地下火道漏烟时易出现较多一氧化碳的积聚。
一氧化碳进入机体后会影响氧和血红蛋白的结合运输及在组织中的解离。一氧化碳极易与血液中运输氧气的血红蛋白结合，它与血红蛋白的结合力比氧气和血红蛋白的结合力高200～300倍，可造成机体缺氧，引起呼吸、循环和神经系统病变，从而导致中毒。轻度中毒时会出现精神沉郁的现象，严重时会引起死亡。
以上有害气体在浓度较低时，不会对畜禽引起明显的外观不良症状，但若长期处于含有低浓度有害气体的环境中，会使畜禽的体质变差，抵抗力降低，发病率和死亡率升高，同时采食量和增重降低，引起慢性中毒。这种影响不易觉察，常使养殖场蒙受损失，应予以足够重视。