江西省工业和信息化委员会的内部机构设置旨在支持其主要职责的执行。其内部设有26个专门的职能处室，每个部门都承担着独特的职能和任务。
1. 办公室负责日常行政事务，包括文电处理、会务、机要、档案管理，以及财务、资产管理工作。
2. 法规处负责法规制定和监督，进行规范性文件的合法性审查，处理相关行政复议和应诉工作。
3. 综合处提出工业发展战略，建立服务企业体系，进行企业管理人员培训，并负责工业行业专项规划和文件起草。
4. 产业政策处研究工业化发展，制定产业政策，协调产业结构调整，支持工业发展和落后产能淘汰。
5. 科技处负责高技术产业规划，推动技术创新，组织重大产业化项目和科技专项。
6. 经济运行处监控工业运行，进行预测预警，协调解决行业问题，并负责应急管理与安全生产指导。
7. 运输协调处负责能源运输协调，指导现代物流工作。
8. 节能与资源综合利用处推动能源节约和资源循环利用，管理新型墙体材料等。
9. 投资规划处制定发展战略，审批工业投资项目，指导外资和招标投标活动。
10. 指导协调处负责轻工、煤炭行业指导和企业负担减轻，管理行业协会。
11. 装备工业处指导通用机械和重大装备发展，推进国产化和引进消化创新。
12. 冶金工业处管理冶金行业，制定规划，推动结构调整和准入工作。
13. 建材工业处负责建材行业管理，包括规划制定和行业准入。
14. 石化工业处负责石化和化工行业管理，包括规划和准入条件的制定。
15. 有色工业处管理有色金属行业，指导稀土产业发展。
16. 医药工业处管理医药行业，推动结构调整和省级医药储备。
17. 纺织工业处管理纺织行业，推动发展战略和规范的实施。
18. 新兴产业处负责新兴工业的培育和管理，制定相关规划和标准。
19. 电子信息处负责电子信息行业，协调重大项目和技术研发。
20. 软件服务业处指导软件业发展，推进软件服务和信息安全工作。
21. 无线电管理处负责无线电管理，包括频谱规划和设备管理。
22. 无线电监督检查处负责无线电执法和安全监管。
23. 信息化推进处推动信息化，协调跨行业互联互通和信息资源利用。
24. 电子政务管理处负责电子政务政策和技术标准的制定，推进电子政务应用。
25. 信息安全协调处保障信息安全，处理应急事务和指导信息安全工作。
26. 人事处和离退休干部处负责机关及直属单位的人事管理和离退休工作，而直属机关党委和纪检组（监察室）则负责党群工作和纪检监察工作。
根据《中共江西省委、江西省人民政府关于印发〈江西省人民政府机构改革实施方案〉的通知》（赣发〔2009〕5号），组建江西省工业和信息化委员会，为省人民政府组成部门。