南京的本科院校有：
1. 南京大学
2. 东南大学
3. 南京航空航天大学
4. 南京理工大学
5. 南京师范大学等。
详细解释如下：
南京大学是江苏省的一所综合性大学，是中国顶尖的高等学府之一。学校拥有多个国家级科研平台和基地，以及优秀的师资队伍和丰富的学科资源。
东南大学是一所工科见长的大学，其在建筑学、土木工程等领域享有很高的声誉。学校地处南京市中心，拥有现代化的教学设施。
南京航空航天大学以航空航天为特色，是工业和信息化部直属的一所高校。该校在航空航天领域有着卓越的科研成果和学术声誉。
南京理工大学是一所具有国防特色的理工科大学，其在兵器科学与技术等领域有着突出的优势。学校注重科研与教学的结合，培养学生的实践能力。
南京师范大学是江苏省教育领域的重点大学之一，拥有强大的教育学科和人文学科实力。该校在教育界有着广泛的影响力，并培养了大量的教育人才。
除了上述院校，南京还有其他的本科院校，如南京医科大学、南京财经大学等，这些学校在不同领域都有其独特的优势和特色。总的来说，南京的本科院校众多，为广大学生提供了丰富的教育资源。