秘书机构设置总的原则应是:精简、纵向层次尽量少，横幅度适当加大。
秘书机构是各级各类领导机关的综合性办公机构。它隶属于领导机关并在机关内为领导工作和单位日常事务提供公务服务。秘书机构的设置是否妥当，它直接关系到秘书工作的效率，甚至是单位的工作效率
具体来说必须遵循以下原则:
一、精简、效能原则。
所谓精简就是要避免机构膨胀，分工合理，运作程序简洁，减少层次，压缩不必要的中间环节:所谓效能，就是秘书机构要充分发挥作用，具有很强的综合辅助能力，能高效地完成各项办公业务。
二、适应需要原则
所谓适应需要，就是要适应领导和管理工作综合辅助及公务服务的需要，适应事业发展和时代发展的需要.
由于具有法人资格的独立单位需要经常对外行文，因此需设立秘书部门，-般单位的秘书机构只有两个层次，即办公厅(室)下分科，最多不超过三个层次秘书机构一般只对本机关直接领导负责并受其领导，不构建不同层次机关秘书机构之间的领导与被领导关系，上下级机关秘书机构之间只存在业务上的指导关系。
三、分级管理原则
秘书工作要为领导服务，这个领导主要指秘书部门所在机关的领导，而不是指上一级机关的领导。秘书机构的直接服务对象是本单位领导，任何一个秘书部门，都只对本单位、本部门领导负责，受本机关、本部门领导指挥，并主要为本机关、本部门领导服务。
因此，秘书部门的设置就要遵循分级管理的原则，由本单位的领导根据工作需要来设置，这样能够有效地保证秘书机构行使自己的职权，为领导工作提供高效率的服务。
四、相对稳定原则
秘书机构一旦建立起来，就要在一段时间内保持相对稳定状态。这就要求单位领导在设置秘书机构或者调整秘书机构之前，应加强调查研究，充分听取管理专家的意见，对机构的分合，编制的大小，职责的划分等进行充分的讨论，在此基础上设置的秘书机构才能做到相对稳定。