有3方面的原因：
1、嫡长子继承制是自古以来的传统
从周朝建立完整的宗法制之后，嫡长子继承制就一直是最正统的继承方式，而且历史上也发生了许多违背嫡长子继承制而导致骨肉相残的悲剧，比如楚国的楚成王因为想要立自己的小儿子为王，然后这个意图被长子商臣知道了，商臣考虑到自己的弟弟们做了王一定不会放过自己，所以先下手为强，杀死了楚成王，自己做了楚王。
朱元璋如果把帝位传给杀伐果断的朱棣，朱棣不会放过那个最有可能夺直接帝位的朱允炆。朱元璋用脚趾头都能想得到朱允炆的下场，所以爱孙心切的朱元把皇位传给谁也不会传给朱棣——朱棣杀心太重了。
2、天下疲敝，需要更多的文治而不是武功
朱棣跟着朱元璋打了一辈子的仗，在军事天赋上是远远高于朱允炆的，而且朱棣富有野心，在扫除蒙元旧部方面，绝对是跟朱元璋的心思一模一样的，但是正因为朱棣身上强烈的“武功”气息，让朱元璋感到非常的不安。
3、农民出身的朱元璋，更愿意看到一家人和睦相处
史书上记载朱元璋如何残忍，如何残暴，但是那是对官员和上伤害老百姓的豪强。政治上面朱元璋冷血残忍，正是为了更多的人能够过上幸福的生活。实际上农民出身的朱元璋是一个很讲感情的人。
有情有义的朱元璋，不愿意看到自己的子孙为了皇位而互相残杀，作为一个从死人堆里爬出来的人，虽然知道朱棣有可能做那种自己最不愿意看到的事情，但是一没法狠心杀死朱棣，二也没法狠心让朱棣上位最后杀死朱允炆。
从上面三点考虑，朱元璋于公于私，都不会把帝位传给朱棣。作为一个父亲和爷爷，战无不胜的明太祖朱元璋在这样的情况下也难以果断地做出抉择，最终还是酿成了骨肉相残的惨剧。
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立皇太孙的第二年，朱元璋还是担心朱允炆太文弱，压不住阵脚，管不住军队，于是开始大杀功臣，蓝玉、胡惟庸集团先后被清洗。
用历史的眼光来看，朱元璋当初的选择是个错误。如果选朱棣当皇帝，就不会出现后来历时4年的内战。但历史不相信道德，也不相信眼泪，它只相信实力。朱棣发动战争，将朱允炆赶下台取而代之。为抹杀篡权的形象，防止天下人心不稳，朱棣拼命说谎，证明自己就是马皇后的亲儿子。指“马”为母，万不得已……
因为朱棣不是嫡长子。
朱元璋在选择继承人的时候严格遵循了“嫡长子继承制”，最初的太子朱标就是他跟马皇后生的大儿子，可惜的是朱标英年早逝。伤心之余的朱元璋在随后选择皇位继承人的时候，直接忽略过了自己的其他儿子，选择了朱标的儿子（也就是皇长孙）朱允炆。
朱棣的生母不过是朱元璋的一个普通妃子而已。庶出的朱棣，即便是他的大哥、二哥、三哥都去世了，也没有资格继承皇位。
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朱元璋虽立长子朱标为太子，但诸子之间早已开始了明争暗斗，其中，第三子晋王朱棡与朱棣之间的斗争尤其激烈。洪武二十三年，朱棣招降乃儿不花后，晋王忌惮朱棣的功劳，到太子朱标处发告朱棣不听自己的约束“劳师冒险”，使朱标将此事汇报给朱元璋。
朱棣入朝，晋王又言语冒犯朱棣，还派人在燕王府内监视，搜求朱棣的“国中细故”，意欲倾陷朱棣，其剑拔弩张之势十分明显。
洪武二十五年（1392年），太子朱标去世，朱元璋接受学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。
不久，洪武二十八年（1395年），秦王去世。洪武三十一年（1398年），朱元璋去世前夕，晋王去世，朱棣成为了诸王中最年长者。这时朱棣的羽翼已经丰满，不但有久征惯战的护卫军，权限上也早已超出了“列爵不临民”的规定。
参考资料来源：百度百科-朱棣
本回答被网友采纳即便朱元璋不考虑朱允炆，皇位人选也轮不到朱棣。因为，朱标病死时，他的哥哥秦王朱樉、晋王朱棡都在人世。按照“父死子继，有嫡立嫡、无嫡立长”的继承原则，朱元璋众多在世儿子中，最应该为册立为储君的也应该是秦王朱樉。
虽然说秦王、晋王都不如朱棣，可站在皇位继承角度来看，一旦让朱棣继位，后果不堪设想，大明版的“八王之乱”即将上演，大明很可能二世而亡。
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从朱棣出生那天开始，就意味着他不可能被朱元璋立为继承人人选。将朱允炆确立为皇位继承人后，他的铺垫工作还是比较到位的，把那些该杀的功臣杀的杀、流放的流放，而且把各地的藩王顺便敲打一番。
朱允炆继位后，他至少有五次机会直接杀掉朱棣，但是要做“仁君”的他，偏偏放弃了一次又一次的机会。近些年来，随着人们对明史研究的深入，一些学者提出了这样一个观点：朱元璋根本没有料到朱棣会造反。
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