1、适用范围不同（土地类别）。
《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》明确了招标拍卖挂牌的范围，即：商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。除此之外的其他类型用地（主要有：工业、仓储、或其他重点扶持的项目用地）可以协议方式出让。
在政策执行概念上可以这样理解：挂牌出让为土地出让的一般方式，协议出让是土地出让的特殊方式。
2、土地使用权出让金定价方式不同。
协议出让是政府与土地使用者协商定价的，而挂牌出让则是社会公开竞价。
3、土地出让最低价的限定原则不同。
协议出让土地的最低价不得低于土地有偿使用费、征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%；挂牌出让的土地其起拍价就是最低价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的。
基于上述三个不同点，协议出让的土地在修建与用途上有较为固定且严格的限制，若需转让协议出让的用地或改变协议出让用地的性质，都需要补齐相关费用。
补齐的额度往往以同区域内相应类型土地的挂牌成交均价或评估价作参考，扣除协议土地款部分。此外也有其他的一些变通处理办法。
随着土地使用制度改革的进一步深入和土地市场的逐步完善，从长远来看挂牌出让会进一步全面取代协议出让，协议方式应当会逐渐消亡。因为，目前的挂牌出让方式已经集成了协议出让方式的所有优点，同时也最大限度地避免了协议方式供地在监管力度方面的。
参考资料来源：百度百科-协议出让
参考资料来源：百度百科-土地招拍挂制度
一、适用范围不同（土地类别）。
1、商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。
2、除此之外的其他类型用地（主要有：工业、仓储、或其他重点扶持的项目用地）可以协议方式出让。
二、土地使用权出让金定价方式不同。
1、协议出让是政府与土地使用者协商定价的。
2、而挂牌出让则是社会公开竞价。
三、土地出让最低价的限定原则不同。
1、协议出让土地的最低价不得低于土地有偿使用费、征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%。
2、挂牌出让的土地其起拍价就是最低价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的。
协议方式主要包括以下情况：
1、政府供应商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地以外用途的土地，其供地计划公布后同一宗地只有一个意向用地者的；
2、原划拨、承租土地使用人申请办理协议出让，《国有土地划拨决定书》、《国有土地租赁合同》或法律、法规、规章、地方政府规定没有明确应当收回土地使用权重新公开出让的，经依法批准，可以采取协议方式；
3、划拨土地使用权转让申请办理协议出让，《国有土地划拨决定书》、法律、法规、规章、地方政府规定没有明确应当收回土地使用权重新公开出让的，经依法批准，可以采取协议方式；
4、法律、法规规定可以协议出让的其他情形。
以上内容参考 百度百科-协议出让、百度百科-土地招拍挂制度
本回答被网友采纳协议出让的优点是：政府对地价较易控制、灵活性大；缺点是：没有引入充分的竞争机制，缺乏公正性，不利于公平竞争，容易滋生以权谋私、权钱交易等腐败现象。
总的来说，协议出让与挂牌出让主要有三方面的区别：
1、适用范围不同（土地类别），这是两者最重要的区别。
《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》明确了招标拍卖挂牌的范围，即：商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。除此之外的其他类型用地（主要有：工业、仓储、或其他重点扶持的项目用地）可以协议方式出让。
在政策执行概念上可以这样理解：挂牌出让为土地出让的一般方式，协议出让是土地出让的特殊方式。
2、土地使用权出让金定价方式不同。
协议出让是政府与土地使用者协商定价的，而挂牌出让则是社会公开竞价。
3、土地出让最低价的限定原则不同。
协议出让土地的最低价不得低于土地有偿使用费、征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%；挂牌出让的土地其起拍价就是最低价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的。
基于上述三个不同点，协议出让的土地在修建与用途上有较为固定且严格的限制，若需转让协议出让的用地或改变协议出让用地的性质，都需要补齐相关费用，补齐的额度往往以同区域内相应类型土地的挂牌成交均价或评估价作参考，扣除协议土地款部分。此外也有其他的一些变通处理办法。
随着土地使用制度改革的进一步深入和土地市场的逐步完善，从长远来看挂牌出让会进一步全面取代协议出让，协议方式应当会逐渐消亡。因为，目前的挂牌出让方式已经集成了协议出让方式的所有优点，同时也最大限度地避免了协议方式供地在监管力度方面的。本回答被提问者采纳
适用范围的问题：
1、招拍挂的范围是：工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一宗地有两个以上意向用地者的，应当以招标拍卖挂牌方式出让。（2007年11.1实行的招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定第四条）
协议的范围是：出让国有土地使用权，除依照法律、法规和规章的规定应当采用招标、拍卖或者挂牌方式外，方可采取协议方式。（2003年8.1实行的协议出让国有土地使用权规定第三条）。同时：在公布的地段上，同一地块只有一个意向用地者的，市、县人民政府国土资源行政主管部门方可按照本规定采取协议方式出让；但商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地除外2003年8.1实行的协议出让国有土地使用权规定第九条）。
