婴幼儿的上颌骨因其血运丰富和血管结构的特点，使细菌容易在其中停留并引发炎症。化脓性细菌，尤其是金黄色葡萄球菌，可能通过多种途径感染婴幼儿的上颌骨骨髓腔。当孩子的免疫力下降时，炎症就会发生。
婴幼儿上颌骨骨髓炎主要发生在出生后3个月内的新生儿，特别是新生儿更容易受到感染。感染的途径主要有以下几种：
首先，血行性感染。新生儿的上颌骨骨髓富含血液，且血液循环活跃。如脐带感染、皮肤疖肿，或母亲产道、乳头破损等部位的感染，细菌可通过血液循环直达上颌骨。
其次，局部感染。新生儿的上颌骨未完全发育，鼻窦口较大，分娩时牙槽粘膜损伤或哺乳时口腔粘膜受损，都可能使鼻腔的细菌进入上颌骨引发炎症。此外，乳腺炎的母亲继续哺乳也可能成为感染的直接来源。
最后，鼻源性感染。由于婴幼儿的上颌窦较小且窦口宽大，急性鼻炎或鼻窦炎等上呼吸道感染，如果扩散到上颌骨，也会导致骨髓炎的发生。金黄色葡萄球菌是引发骨髓炎的常见细菌，但链球菌、白色葡萄球菌和大肠杆菌也有可能引起这种病症。
婴幼儿上颌骨骨髓炎多见于新生儿及3岁内的幼儿感染主要来自血源性、外伤性及接触性，而非牙源性化脓性感染较少见。婴幼儿的上颌骨血运丰富，血管分支细血流缓慢，细菌易于停留。各种致病因素作用下细菌侵入上颌骨骨髓腔内滋生繁殖，当机体抵抗力下降时则引起化脓性炎症。