黄瓜种子扁平、近圆至长椭圆形,种皮黄白色。种皮由表及里,依次由表皮、皮下组织、厚膜细胞、星状柔细胞和海绵柔细胞,种皮内为外胚乳、内胚乳和子叶等构成;子叶包括表皮细胞和糊粉粒等,胚在子叶接近发芽孔的尖处。子叶上有中肋及若干侧脉,子叶内除充满糊粉粒外还有丰富的脂肪。一般每个果实内含有100~300粒种子,少数品种多达300~400粒。种子千粒重22~42g。种子无生理休眠期,但需后熟,种子成熟度越差,后熟时间越长。所以,在黄瓜留种时,采收时间从开始授粉算起需要40~50d,刚采收的种瓜不宜立即掏籽,应放在阴凉的地方后熟。黄瓜种子放在常温条件下可贮存4~5年,但以1~2年的种子生活力最高。发芽力还因贮藏条件而不同,干燥贮藏时10年后仍保有发芽力。