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测序结果与已知序列比对
测序结果
如何知道是不是自己想要的目的片段,如何比较!
答:
对于测序结果您首先应核对的载体是否正确,其次是您克隆之前PCR特异性引物是否能找到,如果这两个条件满足的话,就可以确认是您的东西了。至于插入片段是否与您预期的一致,那么可以在NCBI中将
测序结果与
您的目的
序列
进行BLAST
比对
,看匹配度;也可以在一些比对软件中,例如“DNASTAR”等中进行拼接比对。
转录组分析(7) -
比对
答:
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具,它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat2比对有三个主要的过程,转录组的比对、基因组的比对、剪接比对,双端
测序
的Read首先每端数据要分别单独进行比对,然后考虑比对的片段长度以及方向将单独
比对结果
合并在一起形成双端比对结果。
正反
测序结果
需要拼接后才能
比对
吗
答:
需要。正反
测序结果
是需要拼接后才能
比对
的,正向测序有甲基化的结构,会导致测序峰图双峰或者严重的时候导致信号突然中断,就可以反向测序,然后正反双向测序结果拼接起来就可以得到完整的
序列
。
二代
测序结果
如何分析
答:
二代
测序结果
分析方法如下:1、首先,对二代测序数据进行预处理,去除低质量的序列,去除序列中的重复部分。2、其次,进行
序列比对和
变异检测,确定每个序列在基因组上的位置是否正常。3、最后,对比数据和检测结果,得出最终分析报告。
质粒抽提后,进行
测序
,想看一下多克隆位点
序列
。在与GenBank数据库
比对
...
答:
请问你是用质粒上多克隆位点附近的引物进行的测序吗?由于
测序结果
头部
序列
会受到荧光染料干扰会有几十BP序列不是很准确,你需要双向测序后进行拼接,连成一条链后再在数据库
比对
,或者是网上下载DNASTAR之类的比对软件来分析比对。
双端
测序
的两个read怎么匹配
答:
通过
序列比对
实现。双端
测序
的两个read匹配是通过序列比对(alignment)实现的,在测序过程中,每个read都会生成一条序列,这些序列会被比对到参考基因组上,这个比对过程需要使用专门的比对软件,如Bowtie、BWA等。
请问得到
测序结果
后,怎么在BLAST里证明测序的结果是我要的目的片段...
答:
TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq 3. 在上面的大空格放入
测序
得到的
序列
,下面的那个放入目的基因的序列,为Job Title起一个名字。然后点“BLAST”就可以了。4,
结果
会显示2个序列是否一致,有无变异等等。
转录组数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始
测序
数据的质量,去除低质量的读段(reads)。2.
序列比对
:将质量控制后的读段与参考基因组或转录本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
RNAseq-踩坑02 -- Aligment
比对
率低
答:
如今
序列比对
已成为各种生物学分析中不可缺少的重要环节,通过将未知的基因片段
与已知
具体信息的基因或基因组进行比较,并分析其中的相同部分与差异部分,就可以得到该基因片段SNP位点、所属物种以及可能具有的生物学功能等重要信息。sam与bam是两种最常用的
比对结果
输出文件格式,(如转录组STAR分析软件输出的...
测序
得到基因
序列
后如何分析呢 都需要用什么软件啊 新手 拜托高人指点...
答:
测序
得到基因序列后一般都需要进行
序列比对
,看和目的序列的差异情况,常用的软件有DNAman,还有invitrogen的vectorVI也不错。此外还可以直接在网上进行比对,推荐NCBI网站的BLAST可以直接网上进行。不用担心,多熟悉几遍就可以操作了,很简单的,要对自己有信心,加油!
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snapgene怎么比对两个序列