土壤供镁不足。土壤供镁不足是造成蔬菜缺镁的主要原因。我国东南部温暖多雨，淋溶比较强烈，一般为缺镁症易发区域，特别是轻质土壤更甚。
影响土壤有效镁高低的因素主要有以下几个方面：①土壤的风化程度：不同的土壤由于成土母质和风化程度不同，其含镁量不尽相同，红壤风化程度高，矿物分解比较彻底，一般含镁很少，只有0.06%～0.3%；紫色土属幼年土类，风化程度低，含镁可高达3%。一般土壤全镁量与有效镁有较好的相关性，全镁高的土壤有效镁也比较高。长江以南红壤性蔬菜基地（如浙江金衢盆地一带）较易缺镁，需要重视镁肥的施用。
②土壤质地：质地砂，镁容易淋洗，土壤中有效态镁含量低，往往不能满足作物生长的需要。一般不同质地有效镁由高到低的顺序是：黏土壤土砂壤土砂土。质地较粗的缺镁土壤主要分布在河谷、丘陵地区，其蔬菜基地也应更加关注。
③土壤酸碱性：土壤有效镁与酸碱性密切相关，土壤有效镁随土壤酸性增加而降低。酸性较强的土壤往往供镁不足，主要原因是酸性促使有效镁淋失。