关于已知DNA序列在NCBI上比对并鉴定菌种

Question

1.我做细菌鉴定，把16srDNA PCR后拿出去双向测序，得到了两条序列，一条正的，一条反的，在比对以前是要把它整合成一条链吗？怎样整合？如何鉴定。两条链如下：
CAAGGGGGCATCCTATCTGCAGTCGAACGAAACTTCTTTATCACCGAGTGCTTGCACTCACCGATAAAGAGTTGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCAAAAGAGGGGGATAACACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGCATAACCATAGTTACCGCATGGTAACTATGTAAAAGGTGGCTATGCTACCGCTTTTGGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCTTACCAAGGCAATGATGCGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGAAAGCCTGATGGAGCAACGCCGCGTGGGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACCCTGTTGTTAGAGAAGAAAGTGCGTGAGAGTAACTGTTCACGTTTCGACGGTATCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGAACGCAGGCGGTCTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGGAGTAGTGCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGTTCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCTGCAGCTAACGCAATAAGCATTCCGCCTGGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGGAGCATGTGGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTTTTGCCAATCCTAGAGATAGGACTTTCCCTTCGGGGACAAAATGACAAGTGGTGCATGGTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAATGTTGGGTTAAGTCCGCAACGAGCGCATCCTTTACTCGACTAGTTGGCTAGCATTAAGCTGGGTCACTCTAGCTAGACTGGCTGTTGACAATCTGCAGGCAGGTGGGATGACGTCGAATCATCAATGCCCCATTTATGAACCTGGGGCTTAACACACACC

CTTTGATCCCATTAGACGGCTGGCTCCAAAAGGTTACCCCACCGGCTTTGGGTGTTACAAACTCTCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGTAGGCGAGTTGCAGCCTACAATCCGAACTGAGAACGGCTTTAAGAGATTTGCTAAACCTCGCGGTCTTGCGACTCGTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTTGCTAGAGTGCCCAACTTAATGCTGGCAACTAACAATAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCATTTTGTCCCCGAAGGGAAAGTCCTATCTCTAGGATTGGCAAAAGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAACCTTGCGGTCGTACTCCCCAGGCGGAATGCTTATTGCGTTAGCTGCAGCACTGAAGGGCGGAAACCCTCCAACACTTAGCATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTACCCACGCTTTCGAACCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCTTCCATATATCTACGCATTTCACCGCTACACATGGAGTTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTCTCCCAGTTTCCAATGCACTACTCCGGTTAAGCCGAAGGCTTTCACATCAGACTTAAAAGACCGCCTGCGTTCCCTTTACGCCCAATAAATCCGGATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGATACCGTCGAAACGTGAACAGTTACTCTCACGCACTTTCTTCTCTAACAACAAGGATTTTACGATCGAAGACGGTCTCACCCACGCGGCGATGCTCATCAGCTTTCGCCATTGTGTGATGCCTACTGCTGCCTCCCGTAAGAGTTGGGCGTGTTCTCAGGTCATGTGCCGAATCGAGCTTCTCAGTCCGCTACGCAATCAATTGGCCTTGGTTTAAGC
如能帮忙，请留下邮箱地址，可以发文件

Answer 1

基于云计算的解决方案：
1. blast2 （http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&BLAST_SPEC=blast2seq）分析了你的序列，完全匹配的序列比例比较低。完全匹配区对应第一条序列425到865碱基。你在做PCR时使用了高保真酶吗？如果没有这个结果比较合理。

2.提取完全匹配序列 截断序列（425-865），重复blast2分析。这一步，序列应该是100%匹配。如果不是，序列起始或终止位点有问题。检查后，在结果页面 下载blast2的xml文件拷贝序列。

3. 用这条序列做blast。下面是物种报告。可以肯定的是你的细菌来自Firmicutes门。其他的就不能肯定了，应为所有的匹配序列都是100%匹配你的最佳测序区段。个人感觉你的测序结果还有很大的提升空间，应该在实验上在下下功夫。
Taxonomy Report
Bacteria ............................ 100 hits 4 orgs [root; cellular organisms]
. Firmicutes ........................ 15 hits 3 orgs
. . Lactobacillus ................... 3 hits 2 orgs [Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae]
. . . Lactobacillus murinus ......... 1 hits 1 orgs
. . . Lactobacillus animalis ........ 2 hits 1 orgs
. . uncultured Firmicutes bacterium . 12 hits 1 orgs [environmental samples]
. uncultured bacterium .............. 85 hits 1 orgs [environmental samples]

下面是瞎猜的： 你的细菌有90%的可能性是革兰氏阳性菌，而且是低GC含量，有可能是一种工业用菌，例如酿酒。^_^

Answer 2

用contig 1软件将上述两段序列拼接后，用拼接结果的反向互补序列进行BLAST。BLAST结果显示，你的菌株与动物乳杆菌，鼠乳杆菌，乳酸乳球菌Max ident均为96%。本回答被提问者采纳