中国高新技术成果转化受制度、投入、市场等多种因素的影响，使科技成果转化不畅，造成了科技成果转化率、转化效益和对经济发展贡献度偏低等局面。
（一）制度因素
科技成果转化的制度因素是指对成果转化起消极作用的制度或政策。主要包括科研立项体制、企业经营机制、职称评定制度和成果评估及利益分配机制等4个方面。
1.科研立项机制
科研选题立项是科学研究工作中的一个重要组成部分，它不仅关系着科学研究能否顺利进行，而且关系到科学研究成果能否顺利转化。受传统计划经济的影响，项目的立项和科研带有强烈的行政色彩。科研经费长期以来一直由国家拨给，科研成果也是由国家组织鉴定，这在一定程度上“引导”着科研项目从选择立项、确定研究的深度与方向到项目的评价等，大都是为了获取相当级别的学术奖项，科技人员不必花费精力去考虑成果的转化，更没有必要为完成科技产品的后继开发而在市场中苦寻商机，致使重研究轻转化的问题严重。这样，由于缺乏市场对科研成果应用价值的评判，大量的科研成果理论性强，但适用面窄，少有市场需求大、产业价值大的成果，对企业的吸引力降低，企业对科技成果转化各方面的投入也相应减少，致使大量的成果“赋闲”与有钱找不到好项目的不平衡现象十分突出。
2.企业经营机制
在过去计划经济体制下，产品的开发、设计、生产、扩散等，都是由政府控制的，而在社会主义市场经济体制下，企业成为科技成果推广、应用的主体，政府则演变为宏观经济的调控者。企业功能的转变由于处于计划经济向市场经济过渡的时期，旧的科研体制阻碍着企业作为科技转化主体作用的发挥。主要表现在：①企业管理的各个方面还留有计划经济的痕迹，现阶段企业在战略管理及决策上还受到政府及上级部门的约束，企业的自主权难以发挥。②企业的经营活动在很大程度还是受到政府的干预，众多企业产权关系不明确，使他们缺乏技术创新的动力。③我国的科技主力主要集中于研究院所和高等院校，企业缺乏进行科技成果转化的高科技人员，无法对科技成果的先进性、适用性、市场前景做出正确的分析。正是由于以上因素的存在，使企业缺乏依靠科技进步实现自身发展的动力，而是凭借现有的资源和工艺维持现状或依赖生产资料投入量的增加片面追求企业经济效益的增长。管理的决策者也往往不注重长期投入，致使企业的科技成果研究与转化具有明显的短期行为。
3.职称评定制度
目前高等学校和科研院所的技术职称评定指标体系一般都以科研论文（著作）发表数量和质量、科研成果获奖数量等量化指标为依据，而且是必须达到一定标准才有资格参与职称评审，对于是否申请专利、是否产生经济效益却不做要求，也没有把这些指标作为晋升、评奖、计算工作量的条件之一。这一制度使得高校和科研院所将科研工作的重点放在科研成果的学术水平和获奖登记上，促进了科研成果的产出量，但对成果转化水平和质量则重视不够，导致科研人员不注重市场信息收集与研究，缺乏对市场需求的认识，花费大部分时间和精力用于研究及其论文的撰写，而少有精力考虑到科技成果的可行性、实用性、经济性，研究成果与市场需求明显脱节，科技成果转化能力低下。
4.成果评估及利益分配机制
科技成果本质上是对科技开发研究的创造性的活动做出价值判断的过程。我国虽然于2003年颁布了《科学技术评价办法》，但该办法对科学技术评价的基本程序和要求仅做了原则性规定，再加之科技成果本身的成熟程度、市场未来的不可预知性以及缺乏权威的科技成果评价机构等原因，我国的科技成果评价机制尚不完善。评价方式上，重视对结果的评价，忽视对过程的评价，过分强调学术产出和学术水平从而产生了学术上的浮躁心理和急功近利现象。评价过程上，重视转化前（科技的研究、开发、小试、论证）评价，忽视后期（科技的中试、转让、转化、应用）评价，导致实验室产品无法顺利进入市场（欧阳迪，2010）。评价对象上，多以科技人员为主，忽视了从事科技成果推广的广大科研管理人员，使得懂技术、会管理、善经营的专门人才普遍缺乏（李建成，2008）。
利益分配是一个关系复杂的问题，牵扯到诸多的利害关系。高等学校和科研机构的科技人员由于缺乏市场谈判和交易经验，在不完善的技术交易市场中常常处于劣势，再加上市场信用、科技评价、法律法规等因素的约束，致使其利益难以得到真正的体现和尊重（李玮，2006）。尽管国家已经出台了一些政策法规，但缺乏配套的实施细则，协调和监督都十分乏力，造成供需双方在价格和利益分配上有分歧，影响成果转化的结果。
（二）投入因素
投入因素是指在科技成果转化过程中，在人力、财力、物力上投入的不充分。科技成果转化需要投入大量的资金、人才、物质条件等要素资源，并将各种要素资源进行优化配置，才能实现成果转化。投入机制不健全会影响科技成果的有效转化。
1.资金投入不足
资金是科技成果从实验室转向企业商品化的重要保证和前提。由于成果转化是一项高风险、高投入、高收益、周期长的活动，决定了难以从常规的商业渠道中获得足够的资金支持。对于高校和科研院所来说，自身并不具备自我转化的资金实力；对于金融机构来说，处于安全的考虑，大多数愿把资金借给一些有名气、实力雄厚的大公司；对企业来说，面对承担高风险的巨大压力，企业希望通过有关政策与风险投资机构、金融机构共同承担风险（刘海燕，2002）。没有资金的支持，成果转化就无从谈起。实行市场经济体制以来，我国的金融市场有了巨大发展，但尚未形成由国家、地方、企事业单位、金融机构及其他组织或个人共同投资的多渠道、多层次的投融资体系，倾向于科技研发的风险投资依然较少，用于中试、商业化和产业化环节的资金更加有限，不利于科技成果的转化。
2.高水平人才缺乏
人才是实现科技成果转化的最关键要素。专业化科技推广人才缺乏是我国科技成果转化中较为普遍的问题。相关人员缺乏市场工作经验，既不能对成果进行深层次的评估和咨询，又不懂得市场营销技术，对科技成果的转化多以组织参加各种成果展览、交易、信息发布会的形式进行，服务工作没有深度，导致成果推不出去，资金引不进来，具有市场前景的科技成果多数停留在理论和实验阶段，难以成熟和应用，成熟的技术又难以迅速地抢占国内国际市场，经济和社会效益没有发挥。
3.技术及设备配置不合理
科技成果转化的复杂性决定了其需要相关技术和设备的配套，包括科技图书文献资源的利用、大型仪器设备条件资源的共享等。目前科技图书文献资源和大型仪器设备资源主要集中在高校、科研机构，除了一些资金雄厚、有实力的大型企业外，一般中小企业很难承担技术及设备的费用支出，但是高校、科研机构的科技资源多限于内部使用，外部企业很难共享其资源，这在一定程度上阻碍了企业的科技成果转化。
（三）市场因素
市场因素是我国科技成果转化中的主要障碍。主要包括市场交易平台欠缺、中介服务机构不健全等方面。
1.市场交易平台欠缺
市场交易平台是科技成果转化的技术保障。近年来，我国科技成果的技术市场从无到有获得了一定的发展，科技信息交流会、技术交易会、通信技术网络、技术开发招标会等是我国主要的技术交易形式。但技术市场发育尚不完善，成熟度比较低，组织不够健全，缺少区域性、全国性的信息网络（詹静涛，林皎，1996），高校科技信息交流多为区域内流通，系统内循环，而与生产部门的供需信息交流还不畅，不能满足技术交易需要。同时，科技成果转让法规不健全，管理不够规范，对信息的真假、来源鉴定不够，致使虚假信息介入市场，无法满足客户的需求。
2.中介服务机构不够健全
科技中介服务机构是科技成果转化过程不可缺少的重要力量，是转化、扩散科技成果和有效配置科技资源的重要渠道。虽然近几年在国家的大力推动下，中介机构发展迅速，为科技创新和科技产业化作出了重要贡献，但是从整体上看，我国科技中介机构的发展仍处于起步阶段。中介服务机构大多功能单一，结构不健全，服务能力较弱，提供信息服务不及时或缺乏准确性，导致科研机构的很多成果找不到需求者而无法实现转化，企业需要的技术成果也找不到合适的供应者，无法实现对科技成果转化的有力支撑。中介机构良莠不齐，服务能力差距较大，懂技术、懂经营、熟悉法律的技术人才严重匮乏，并且缺少专业的风险评估、技术评价、技术定价的能力，使得企业对于科技成果的价值风险很难做出判断，市场实现困难（欧阳迪，2010）。因此，在发达国家的科技成果转化过程日益依靠中介服务体系提供各种服务的情况下，我国中介服务及其机构却从数量和功能上都远远不能满足科技成果转化的需要。