按合同规定收取的违约金，应该入营业外收入，只计征企业所得税。
1、违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，一方当事人违约的，应向另一方支付的金钱，违约金的标的物是金钱，但当事人也可以约定违约金的标的物为金钱以外的其他财产，违约金具有担保债务履行的功效，又具有惩罚违约人和补偿无过错一方当事人所受损失的效果，因此有的国家将其作为合同担保的措施之一，有的国家将其作为违反合同的责任承担方式。
2、根据现行增值税法有关规定，纳税人在未销售货物或者提供加工、修理修配劳务的情况下收取的违约金，不属于增值税的征税范围，不征收增值税依据《发票管理办法》规定，在没有发生购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动的情况下，因对方未履行合同而导致违约收取的违约金，不是经营活动，不属于开具发票的范围 因此，你公司收取的违约金不作销售收入处理，同时也不能开具增值税专用发票。