我国公共部门人员分类与职位管理中存在的问题如下：
一、分类方法设计存在缺陷
1.职务分类不科学并造成了诸多问题
职务是以往干部人事制度的延续，传统的职位分类方法中并不存在“职务”的概念。通过文献研究可以发现，学界乃至当时的制度设计者并没有对“职务”的内涵进行准确的界定，以致出现了“职务包含职位、职责、职权三个要素”和“职位是职务、职责、职权的统一”两种相悖解释并存的现象。
而对职务等级的划分其功能近似于“职等标准”，但缺乏职位调查、评价等环节，因而缺乏充足的科学依据。而这种分类也造成了诸多问题。比如，非领导职务的“虚职化”现象严重，许多高层非领导职务成为享受高一级职务待遇的“虚职”和领导职务的退路，公务员退休无法“正常化”。
2.职级设计不合理且缺乏晋升保障
职级晋升的跨度较大，从一个职级晋升到上一个职级需要较长时间，不利于公务员队伍的年轻化。职级设置是为了弥补单纯的职务序列对公务员激励不足的问题，但级别设置的不合理弱化了激励作用，且没有相关法制和财政保障。
3.差异化考虑不足，基层公务员无积极性
中国公务员队伍庞大，差异明显，但当前的职位分类并没有反映出部门或是地区之间的差异。如边远山区工作环境艰苦，而当地工作人员的收入远不及在沿海发达城市工作的同级公务员，这种同工不同酬现象易对工作热情和积极性产生不良影响。
二、分类方法实施存在困难
1.现行分类方法有待进一步完善
2016年7月《行政执法类公务员管理规定(试行)》和《专业技术类公务员管理规定(试行)》出台，现行职位分类制度中对不同类别公务员的管理规定已相对完整。但一些细节性的规定仍有待进一步完善。如《公务员法》并未明确职务序列和职位类别的对应关系，大大增加了人为操作的空间。
2.一些规定不具备实施基础
现行的职位分类中有些设计看似科学合理,却不具备实施的基础和支持条件。例如：《公务员法》第18条规定各机关自行设置本机关公务员的具体职位并编写职位说明书。
但现实情况是，中国目前的法制基础、职位分类的科学化程度以及监督和评估机制都难以支持自行设置职位的规定。仅从法制层面而言，中国公务员管理不够细致和规范，再加上中国官本位思想的长期影响和人治的传统沿袭，给予机关如此大的权限不仅不易控制成本，任人唯亲等腐败现象也更易发生。
3.与公务员其他制度未建立对应关系
现行的职位分类没有和考录、薪酬、绩效考核等制度对接起来，人事管理各个环节没有打通，使得当前的职位分类更像是一副“空架子”。以考录为例，没有确切标准和职位说明书的录用工作，易造成目标置换或标准冲突等问题。