检测外源基因是否转化成功，首先对报告基因进行检测，然后再进行目的外源基因的检测。目的外源基因的表达可分转录和翻译两个水平，转录是以DNA为模板合成mRNA的过程，翻译则是指以mRNA为模板翻译成蛋白质。目的基因表达检测亦可在两个水平上进行，在转录水平上对mRNA进行检测，在翻译水平上对蛋白质进行检测。
1.报告基因的酶法检测
主要的报告基因，例如Gus基因、Cat基因、冠瘿碱合成酶基因、NptⅡ基因和荧光素酶基因皆可根据各自的功能，采用酶法检测。
2.外源基因转录水平上的检测。
Northern杂交（Northernblotting）以RNA为探针，检测外源基因转录产物特异mRNA。Northern杂交也有斑点杂交和印迹杂交。斑点杂交只需将RNA样品点样在固相膜上直接与探针杂交，但只能鉴定外源基因是否转录；而Northern印迹杂交则需将RNA样品进行电泳分离，然后转移到固相膜上，再与探针杂交，可对外源基因的转录状况进行较详细的分析。Dot-Northern杂交是将总RNA提取物经多孔过滤进样器直接转移到杂交膜上，其余步骤与Northern杂交相同。Northern杂交对细胞中低丰度的mRNA检出率较低。
3.外源基因翻译水平上的检测
外源基因翻译水平上的检测通常用Western杂交（Westernblotting）。Western杂交是将蛋白质电泳、印迹、免疫测定融为一体的特异蛋白质检测方法。转化的外源基因正常表达时，转基因植株细胞中含有一定量的目的蛋白。从植物细胞中提取总蛋白或目的蛋白，将蛋白质样品溶解在含去污剂和还原剂的溶液中，经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳使蛋白质分离开来，将分离的各蛋白质条带原位转移到固相膜上，膜在高浓度的蛋白质溶液中温育，以封闭非特异性座位。然后加入特异性抗体（一抗），印迹上的目的蛋白与一抗结合后，再加入能与一抗特异性结合的二抗，二抗事先已经标记，根据二抗上标记化合物的性质检出。由检测结果，可知目的蛋白是否已在被检植物细胞中表达、其浓度以及大致的分子量。