核酸探针类型多样，包括DNA和RNA探针，以及放射性标记和非放射性标记，单链与双链，均匀标记和末端标记。其中，双链DNA探针在基因鉴定和临床诊断中应用广泛。双链DNA探针标记方法主要有切口平移法和随机引物合成法。
切口平移法通过E.coli DNA聚合酶将放射性核苷酸掺入DNA链，产物比活性受多种因素影响，如核苷酸掺入程度和酶的质量。所需材料有DNA模板、未标记dNTP、特定酶等。操作步骤包括配比混合、水浴反应、终止反应及沉淀回收探针。
随机引物合成法利用Klenow酶合成DNA探针，其产物长度和比活性取决于反应条件，如模板、引物和酶的量。随机引物反应的优点在于反应稳定、模板要求宽松和比活性高。所需材料包括随机引物、缓冲液和相关酶。操作步骤包括混合反应、保温、终止、沉淀和保存探针。
单链DNA探针通过克隆序列合成或反转录RNA合成，以解决双链探针错配问题。从M13载体衍生序列合成的方法涉及Klenow片段的使用，而RNA为模板的cDNA探针则通过反转录酶制备。
以上各种探针标记方法各有其特点和应用，需要根据实验需求选择合适的方法，并注意反应条件的控制和产物的纯化。
互补的核苷酸序列通过Walson-Crick碱基配对形成稳定的杂合双链分子DNA分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的，可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测。