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测序出来的序列比对不上
我有一个细菌
测序
结果可是不会
比对
,有哪位前辈可以指教一下?_百度知 ...
答:
网页上输入NCBI BLAST进入主页后黏贴你
的序列
,选择blastn表示核酸
比对
,blastx表示氨基酸比对,确定就有比对结果了
RNAseq-踩坑02 -- Aligment
比对
率低
答:
QC 统计, 均在90%以上,说明
测序
数据质量尚可 遇到问题:Aligment 统计,比对率 在 28%-47%之间。解决思路:找到
比对不上的序列
,进行blast 比对,查看
比对上
的是什么。如今
序列比对
已成为各种生物学分析中不可缺少的重要环节,通过将未知的基因片段与已知具体信息的基因或基因组进行比较,并分析其中的...
序列比对
深度不高说明什么
答:
1、未能区分出真正存在的突变位点:一个位点只被测序一次
,那么它携带的突变信息就不能被确认是真实存在的还是测序错误。2、遗漏新颖变异:如果某些潜在的变异未被检测到,会导致误判为野生型。3、影响结果的可信性:同一位点的测序质量差异较大,会影响后续分析的准确性和可靠性。
测序
公司测得的DNA
序列
往往有一些错误,怎样判断
答:
一般情况下我们都是看峰图 前五十有可能有酒精峰不可信 过了800BP一般也不可信 如果是PCR可能更短一点700左右 如果实在觉得有问题建议你学学怎么看原始峰图 内个是无法造假的 实在嫌麻烦就两家公司同时
测序比对
问题就不大了 只要不造假一般测序准确率是在百分之99以上的才对 ...
blast
比对
结果不一致说明什么
答:
你在用DNAMAN的多
序列比对
时,在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”吧?包括编码链和非编码连的比对,你
测序
得到的目的片段可能是非编码链(即你目的基因的编码链的互补序列),而NCBI中提交
的序列
都是编码链的序列。
克隆后
测序
后
序列
问题
答:
挑出几个菌落直接培养
测序
是不适当的。菌落中有很大一部分比例转进去的是空载体,没有成功连入目的基因片段。所以要多挑一些单菌落,培养后用菌液PCR或者提质粒后双酶切鉴定是否连入目的基因,选择成功连入目的基因(阳性克隆)的再拿去测序。你现在的测序结果,很有可能只是载体本身
的序列
。
我有一个
测序的
结果,可是我不会进行
比对
,能详细的告诉我一下步骤吗...
答:
下面以最基本的核酸
序列比对
来谈一下 BLAST的使用, 期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。2. 点击Basic BLAST部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所示:介绍一下上述页面: Enter Query Sequence 部分是让我们输入序列的,你可以直接把序列粘贴进去,也可以上传序列,还...
请问拿到
测序的
结果,怎么找不到引物
序列
?
答:
你应该在DNAMan上进行
比对
,看引物能不能比对上(一个不变,一个反向互补),如果比
不上
,那可能就不是你要
的序列
,如果能比上,上游以引物第一个为分界线,去除前面的;下有一最后一个为分界线,去除后面的,剩下的就是目的序列。
质粒抽提后,进行
测序
,想看一下多克隆位点
序列
。在与GenBank数据库
比对
...
答:
请问你是用质粒上多克隆位点附近的引物进行的
测序
吗?由于测序结果头部序列会受到荧光染料干扰会有几十BP
序列不
是很准确,你需要双向测序后进行拼接,连成一条链后再在数据库比对,或者是网上下载DNASTAR之类
的比对
软件来分析比对。
如何提高转录组和基因组
比对
率
答:
数据预处理:在进行
比对
之前,对原始数据进行预处理也是提高比对率的关键步骤。例如,可以使用质量控制工具对
测序
数据进行质量过滤和修剪,去除低质量的碱基和测序错误,从而提高比对的准确性和效率。参考基因组选择:选择合适的参考基因组也对
比对
率有影响。确保选择的参考基因组与研究对象的基因组
序列
相匹配...
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